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数据量
- clickhouse 面对海量数据,比如单表过百亿可以使用集群(复制 + 分片)
- 如果数据量比较小,比如单表 10-20 亿使用单机就足以满足查询需求
- https://segmentfault.com/a/1190000023702890
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向量化
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https://www.jianshu.com/p/fc384f18ff1a
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ClickHouse在计算层做了非常细致的工作,竭尽所能榨干硬件能力,提升查询速度。它实现了单机多核并行、分布式计算、向量化执行与SIMD指令、代码生成等多种重要技术
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多核并行
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ClickHouse将数据划分为多个partition,每个partition再进一步划分为多个index granularity,然后通过多个CPU核心分别处理其中的一部分来实现并行数据处理。
在这种设计下,单条Query就能利用整机所有CPU。极致的并行处理能力,极大的降低了查询延时。
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分布式计算
- 除了优秀的单机并行处理能力,ClickHouse还提供了可线性拓展的分布式计算能力。ClickHouse会自动将查询拆解为多个task下发到集群中,然后进行多机并行处理,最后把结果汇聚到一起。
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向量化执行与SIMD
- ClickHouse不仅将数据按列存储,而且按列进行计算。传统OLTP数据库通常采用按行计算,原因是事务处理中以点查为主,SQL计算量小,实现这些技术的收益不够明显。但是在分析场景下,单个SQL所涉及计算量可能极大,将每行作为一个基本单元进行处理会带来严重的性能损耗:
- •对每一行数据都要调用相应的函数,函数调用开销占比高;
•存储层按列存储数据,在内存中也按列组织,但是计算层按行处理,无法充分利用CPU cache的预读能力,造成CPU Cache miss严重;
•按行处理,无法利用高效的SIMD指令; - ClickHouse实现了向量执行引擎(Vectorized execution engine),对内存中的列式数据,一个batch调用一次SIMD指令(而非每一行调用一次),不仅减少了函数调用次数、降低了cache miss,而且可以充分发挥SIMD指令的并行能力,大幅缩短了计算耗时。向量执行引擎,通常能够带来数倍的性能提升。
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SIMD
- 即 single instruction multiple data 英文首字母缩写,单指令流多数据流,也就是说一次运算指令可以执行多个数据流,一个简单的例子就是向量的加减。
- SSE 与 SMID 关系
- SSE(为Streaming SIMD Extensions的缩写)是由 Intel公司在1999年推出Pentium III处理器时,同时推出的新指令集。如同其名称所表示的,SSE是一种SIMD指令集。SSE有8个128位寄存器,XMM0 ~XMM7。可以用来存放四个32位的单精确度浮点数。可以看出,SSE 是一套专门为 SIMD(单指令多数据)架构设计的指令集。通过它,用户可以同时在多个数据片段上执行运算,实现数据并行(aka:矢量处理)。
- SSE2是SSE指令的升级版,寄存器与指令格式都和SSE一致,不同之处在于其能够处理双精度浮点数等更多数据类。SSE3增加了13条新的指令
- C++使用SIMD编程的3种方法
- 编译器优化 即使用C/C++编写程序之后,带有SIMD优化选项编译,在CPU支持的情况下,编译器按照自己的规则去优化。
- 使用intrinsic指令 参考Intel手册,针对SIMD指令,可以在编程时直接使用其内置的某些库函数,编译的时候在cpu和编译器的支持下会生成对应的SIMD指令。比如:double _mm_cvtsd_f64 (__m128d a) 该函数编译时就会翻译成指令:movsd
- 嵌入式汇编 内联汇编直接在程序中嵌入对应的SIMD指令。
- 计算机硬件支持与编译器支持
- 要能够使用 Intel 的 SIMD 指令集,不仅需要当前 Intel 处理器的硬件支持,还需要编译器的支持。
- $ grep -q sse4_2 /proc/cpuinfo && echo “SSE 4.2 supported” || echo “SSE 4.2 not supported”
- 如果你的机器支持SSE4.2,那么,将打印:
- SSE 4.2 supported
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使用SIMD考量
- 利用优点: 频繁调用的基础函数,大量的可并行计算
- 尽量避免: SSE指令集对分支处理能力非常的差,而且从128位的数据中提取某些元素数据的代价又非常的大,因此不适合有复杂逻辑的运算。
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How Clickhouse USE SIMD
- 大家在搜索CLICKHOUSE为什么快的文章中,都提到了CH使用到的技术列式存储,压缩,向量引擎。
- CH在所有能够提高CPU计算效率的地方,都大量的使用了SIMD。
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分布式表-Distributed表引擎
- join和in
- https://blog.youkuaiyun.com/qq_23160237/article/details/105683601
- 1、查询不全,由于分片的数据不均,会出现查询数据不全的问题,所以JOIN表和 IN子句 也要使用 _all 分布式表;
- 2、查询放大,由于JOIN表 和 IN子句 也是 _all 分布式表,所以每个分片又会向其他远端的分片发起分布式查询,最终的查询次数是 N 的平方(N=分片数量);
- 3、解决思路,使用 GLOBAL IN 和 GLOBAL JOIN 可以避免查询放大的问题。
- 对于跨表查询
- 可以使用跨表本地化的策略
- 在ClickHouse集群中跨表进行Select查询时,采用Global IN/Global Join语句性能较为低下。分析原因,是在此类操作会生成临时表,并跨设备同步该表,导致查询速度慢。
- 解决方案:采用一致性hash,将相同主键数据写入同一个数据分片,在本地local表完成跨表联合查询,数据均来自于本地存储,从而提高查询速度。
- 这种优化方案也有一定的潜在问题,目前ClickHouse尚不提供数据的Reshard能力,当Shard所存储主键数据量持续增加,达到磁盘容量上限需要分拆时,目前只能根据原始数据再次重建CK集群,有较高的成本。
- join和in
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分布式join
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https://zhuanlan.zhihu.com/p/377506070
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ClickHouse单机JOIN实现
- ClickHouse 单机JOIN操作默认采用HASH JOIN算法,可选MERGE JOIN算法。其中,MERGE JOIN算法数据会溢出到磁盘,性能相比前者较差
- SELECT <expr_list>
FROM <left_table>
[GLOBAL] [INNER|LEFT|RIGHT|FULL|CROSS] [OUTER|SEMI|ANTI|ANY|ASOF] JOIN <right_table>
(ON <expr_list>)|(USING <column_list>) … - ClickHouse 的 HASH JOIN算法实现比较简单:
- 从right_table 读取该表全量数据,在内存中构建HASH MAP;
- 从left_table 分批读取数据,根据JOIN KEY到HASH MAP中进行查找,如果命中,则该数据作为JOIN的输出;
- 从这个实现中可以看出,如果right_table的数据量超过单机可用内存空间的限制,则JOIN操作无法完成。通常,两表JOIN时,将较小表作为right_table.
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分布式JOIN实现
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ClickHouse 是去中心化架构,非常容易水平扩展集群。当以集群模式提供服务时候,分布式JOIN查询就无法避免。这里的分布式JOIN通常指,JOIN查询中涉及到的left_table 与 right_table 是分布式表。
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分布式JOIN实现机制无非如下几种:
- Broadcast JOIN
Shuffle Join
Colocate JOIN
- Broadcast JOIN
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ClickHouse集群并未实现完整意义上的Shuffle JOIN,实现了类Broadcast JOIN,通过事先完成数据重分布,能够实现Colocate JOIN。
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ClickHouse 的分布式JOIN查询可以分为两类,带GLOBAL关键字的,和不带GLOBAL关键字的情况。
- 普通JOIN实现
- 如果右表为分布式表,则集群中每个节点会去执行分布式查询。这里就会存在一个非常严重的读放大现象。假设集群有N个节点,右表查询会在集群中执行N*N次。
- ClickHouse 普通分布式JOIN查询是一个简单版的Shuffle JOIN的实现,或者说是一个不完整的实现。不完整的地方在于,并未按JOIN KEY去Shuffle数据,而是每个节点全量拉去右表数据。这里实际上是存在着优化空间的。
- 在生产环境中,查询放大对查询性能的影响是不可忽略的。
- GLOBAL JOIN 实现
- GLOBAL JOIN 可以看做一个不完整的Broadcast JOIN实现。如果JOIN的右表数据量较大,就会占用大量网络带宽,导致查询性能降低。
- GLOBAL JOIN 将右表的查询在initiator节点上完成后,通过网络发送到其他节点,避免其他节点重复计算,从而避免查询放大。
- 普通JOIN实现
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分布式JOIN最佳实践
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尽量减少JOIN右表数据量
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ClickHouse根据JOIN的右表数据,构建HASH MAP,并将SQL中所需的列全部读入内存中。如果右表数据量过大,节点内存无法容纳后,无法完成计算。
在实际中,我们通常将较小的表作为右表,并尽可能增加过滤条件,降低进入JOIN计算的数据量。
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利用GLOBAL JOIN 避免查询放大带来性能损失
- 如果右表或者子查询的数据量可控,可以使用GLOBAL JOIN来避免读放大。需要注意的是,GLOBAL JOIN 会触发数据在节点之间传播,占用部分网络流量。如果数据量较大,同样会带来性能损失。
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数据预分布实现Colocate JOIN
- 当JOIN涉及的表数据量都非常大时,读放大,或网络广播都带来巨大性能损失时,我们就需要采取另外一种方式来完成JOIN计算了。
- 根据“相同JOIN KEY必定相同分片”原理,我们将涉及JOIN计算的表,按JOIN KEY在集群维度作分片。将分布式JOIN转为为节点的本地JOIN,极大减少了查询放大问题。
- 由于数据以及预分区了,相同的JOIN KEY对应的数据一定在一起,不会跨节点存在,所以无需对右表做分布式查询,也能获得正确结果。
- 这种优化方案也有一定的潜在问题,目前ClickHouse尚不提供数据的Reshard能力,当Shard所存储主键数据量持续增加,达到磁盘容量上限需要分拆时,目前只能根据原始数据再次重建CK集群,有较高的成本。
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当数据表包含多个分片的时候,我们需要将普通的本地查询转换为分布式查询。当然,这个转换动作是不需要用户自己进行的,在ClickHouse里面会由Distributed表引擎代劳。Distributed表引擎的定位就好比是一个分表的中间件,它本身并不存储数据,而是分片的代理,能自动的将SQL查询路由到每个分片。发起远程调用,根据集群的配置信息,从当前节点向远端分片发起Remote远程查询调用分布式表转本地表,在发送远程查询时,将SQL内的 _all表 转成 _local表。
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B. Palm", title = "Prediction as a candidate for learning deep hierarchical models of data", year = "2012",}```Contact: rasmusbergpalm at gmail dot comDirectories included in the toolbox-----------------------------------`NN/` - A library for Feedforward Backpropagation Neural Networks`CNN/` - A library for Convolutional Neural Networks`DBN/` - A library for Deep Belief Networks`SAE/` - A library for Stacked Auto-Encoders`CAE/` - A library for Convolutional Auto-Encoders`util/` - Utility functions used by the libraries`data/` - Data used by the examples`tests/` - unit tests to verify toolbox is workingFor references on each library check REFS.mdSetup-----1. Download.2. addpath(genpath('DeepLearnToolbox'));Example: Deep Belief Network---------------------```matlabfunction test_example_DBNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit RBM and visualize its weightsrand('state',0)dbn.sizes = [100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);figure; visualize(dbn.rbm{1}.W'); % Visualize the RBM weights%% ex2 train a 100-100 hidden unit DBN and use its weights to initialize a NNrand('state',0)%train dbndbn.sizes = [100 100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);%unfold dbn to nnnn = dbnunfoldtonn(dbn, 10);nn.activation_function = 'sigm';%train nnopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.10, 'Too big error');```Example: Stacked Auto-Encoders---------------------```matlabfunction test_example_SAEload mnist_uint8;train_x = double(train_x)/255;test_x = double(test_x)/255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit SDAE and use it to initialize a FFNN% Setup and train a stacked denoising autoencoder (SDAE)rand('state',0)sae = saesetup([784 100]);sae.ae{1}.activation_function = 'sigm';sae.ae{1}.learningRate = 1;sae.ae{1}.inputZeroMaskedFraction = 0.5;opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;sae = saetrain(sae, train_x, opts);visualize(sae.ae{1}.W{1}(:,2:end)')% Use the SDAE to initialize a FFNNnn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm';nn.learningRate = 1;nn.W{1} = sae.ae{1}.W{1};% Train the FFNNopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.16, 'Too big error');```Example: Convolutional Neural Nets---------------------```matlabfunction test_example_CNNload mnist_uint8;train_x = double(reshape(train_x',28,28,60000))/255;test_x = double(reshape(test_x',28,28,10000))/255;train_y = double(train_y');test_y = double(test_y');%% ex1 Train a 6c-2s-12c-2s Convolutional neural network %will run 1 epoch in about 200 second and get around 11% error. %With 100 epochs you'll get around 1.2% errorrand('state',0)cnn.layers = { struct('type', 'i') %input layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 6, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %sub sampling layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 12, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %subsampling layer};cnn = cnnsetup(cnn, train_x, train_y);opts.alpha = 1;opts.batchsize = 50;opts.numepochs = 1;cnn = cnntrain(cnn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = cnntest(cnn, test_x, test_y);%plot mean squared errorfigure; plot(cnn.rL);assert(er<0.12, 'Too big error');```Example: Neural Networks---------------------```matlabfunction test_example_NNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);% normalize[train_x, mu, sigma] = zscore(train_x);test_x = normalize(test_x, mu, sigma);%% ex1 vanilla neural netrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samples[nn, L] = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.08, 'Too big error');%% ex2 neural net with L2 weight decayrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.weightPenaltyL2 = 1e-4; % L2 weight decayopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex3 neural net with dropoutrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.dropoutFraction = 0.5; % Dropout fraction opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex4 neural net with sigmoid activation functionrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm'; % Sigmoid activation functionnn.learningRate = 1; % Sigm require a lower learning rateopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex5 plotting functionalityrand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]);opts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through datann.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex6 neural net with sigmoid activation and plotting of validation and training error% split training data into training and validation datavx = train_x(1:10000,:);tx = train_x(10001:end,:);vy = train_y(1:10000,:);ty = train_y(10001:end,:);rand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]); nn.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, tx, ty, opts, vx, vy); % nntrain takes validation set as last two arguments (optionally)[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');```[](https://bitdeli.com/free "Bitdeli Badge")
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