Windows 下R软件如何安装GO.db程序包

最新推荐文章于 2025-05-04 14:19:59 发布
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#生物信息学 #R包安装 #数据

在Windows操作系统中，安装R语言的GO.db包可能遇到一些挑战。本文将详细指导用户如何顺利安装这个重要的生物信息学数据包，包括解决依赖问题和使用安装源的方法。

Windows 下R软件如何安装GO.db程序包

问题描述：

因为分析数据要用到WGCNA，然而安装WGCNA必须先安装GO.db。

但现在安装不了GO.db：

> library(WGCNA)

载入需要的程辑包：dynamicTreeCut

载入需要的程辑包：fastcluster

载入程辑包：‘fastcluster’

The following object is masked from ‘package:stats’:hclust

Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 

不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包

#然后我打算用bioconductor.org网站上的语句安装，但遇到以下问题：

> source("https://bioconductor.org/ biocLite.R") 

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : 无法打开链结

此外: Warning message:

In file(filename, "r", encoding = encoding) : InternetOpenUrl失败:’'

#另外，只能下载到GO.db_3.3.0.tar.gz，但是windows又是不支持tar压缩文件的

解决方案：

针对上述问题，主要是没有找到Go.db 的.zip文件，在下述网站下载（加载会有点慢）：

http://bioconductor.riken.jp/packages/3.0/data/annotation/html/GO.db.html

进入该网站


选择windows binary的zip文件下载

上述网站若加载不了，可google一下Go.db 3.0.0.zip

最后在R下进行安装该文件即可


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Error: package or namespace load failed for 'AnnotationDbi' in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): namespace 'DBI' 1.1.2 is already loaded, but >= 1.2.0 is required In addition: Warning messages: 1: multiple methods tables found for 'sort' 2: multiple methods tables found for 'union' 3: multiple methods tables found for 'intersect' 4: multiple methods tables found for 'setdiff' 5: multiple methods tables found for 'setequal' 6: replacing previous import 'BiocGenerics::setequal' by 'S4Vectors::setequal' when loading 'IRanges' 7: multiple methods tables found for 'union' 8: multiple methods tables found for 'intersect' 9: multiple methods tables found for 'setdiff' Execution halted ERROR: lazy loading failed for package 'GO.db' * removing 'C:/Program Files/R/R-4.5.0/library/GO.db' 下载的程序包在 ‘C:\Users\ruiwa\AppData\Local\Temp\Rtmpgl8GsD\downloaded_packages’里 警告信息: In install.packages(...) : 安装程序包‘GO.db’时退出狀態的值不是0
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library(limma) > library(org.Hs.eg.db) 错误于library(org.Hs.eg.db): 不存在叫‘org.Hs.eg.db’这个名称的程序包 > library(clusterProfiler) 错误: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘ape’这个名称的程序包 > library(enrichplot) 错误: package or namespace load failed for ‘enrichplot’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘ape’这个名称的程序包 >
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