Ribotree安装依赖arnie包

本文介绍了DasLab的RibotreeRNA设计工具的安装过程,重点在于如何通过pipinstallarnie和配置ARNIEFILE,包括设置RNAfold和CONTRAfold路径。最后提到在~/.bashrc中进行设置的重要性以及在Python环境中使用arnie的条件。

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Ribotree是DasLab开发的一款用于RNA设计的工具,需要安装arnie。

但根据arnie在github上的readme文档进行设置,并没有成功。

后来发现可以直接使用pip install arnie,来进行arnie包的安装,但由于arnie包本身就是一个打包不同二级结构预测程序的包,所以在~/.bashrc文件中需要设置 ARNIEFILE 。

所以,安装arnie包的过程如下:

1)根据github上arnie源文件的example_arnie_file.txt,进行RNAfold、CONTRAfold等程序路径的设定,并将编辑的arnie_file.txt的绝对路径写入~/.bashrc 文件(在步骤二的基础上,需要设置 vienna 和 vienna_2);

2)pip install arnie

然后打开python编码界面,即可载入arnie及其函数,并使用arnie_file.txt中的各个打包的程序了(当然,前提是这些程序已经可以正常使用)。

最后,祝大家好运吧~

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