hanxing0的专栏

哎，真是苦逼的，对分子动力学的不熟悉导致对Gromacs源码的解读不太顺利。目前摸索出来的Gromacs程序集中最主要的计算程序为mdrun,所以很自然地想要了解mdrun程序源码都包含哪些。经过解读，终于有了初步的了解：         Gromacs中的核心运算程序为mdrun程序，为了查找mdrun程序的源码，通过查看CMake中发现如下语句：其程序信息主要在kernel\CMa

最近在看Gromacs的源码，万恶的毕设。对于分子动力学的小白来说，做这个真心是一个巨大的挑战啊。但是通过看代码还是能学到些东西的，聊以慰藉。今天看到一个snew宏，死活不懂为什么宏后面的参数前有一个#号，做一个小实验试了下，原来可以得到变量名。#define _CRT_SECURE_NO_DEPRECATE #include using namespace std;#define sn

这个系列谈不上多深刻，更谈不上高深。只是想把做论文过程中看到的一些东西记录下来。难免零零碎碎一些。Gromacs作为老牌的分子动力学模拟软件，其优化已经做的相当出色了。我想做的工作主要是将其中的CUDA计算nonbond力的工作移植到OpenCL上来，讲起来容易，可是真正做起来才发现不是这么简单啊。1.首先对分子动力学不了解，目前也就是皮毛的认识2.CUDA不了解3.因为工程是用CMa

求最大公约数的算法，这个我想应该是算法或程序书籍中的常客了，可是真正写时可能会忘掉，最简单的就是欧几里得算法（又称辗转相除法）。就是下面这种：定理：gcd(a,b) = gcd(b,a mod b) (a>b 且a mod b 不为0)那么如果是多个数怎么整？static int gmx_greatest_common_divisor(int p, int q){ int tmp

mdrunner函数在runner.c和runner_openmm.c中均有，是MD模拟的主要程序之一。但是对另一个do_md函数的调用一直是个谜，今天终于看出了点头绪。这里以runner.c中的mdrunner作为例子：先看一个integrator的定义，在这里我们发现了do_md的影子。Interator有积分器，综合者的意思/* The array should match

这篇就贴一个整理的调用关系图好了，后面可能会以此为xia