py.test --pep8 vsearch.py报错解决办法

py.test --pep8 vsearch.py报错解决办法

使用pep8 vsearch.py替换py.test --pep8 vsearch.py即可。

pep8 has been renamed to pycodestyle (GitHub issue #466)
Use of the pep8 tool will be removed in a future release.
Please install and use `pycodestyle` instead.

$ pip install pycodestyle
$ pycodestyle ...

测试结果如下:
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>py.test --pep8 vsearch22.py
d:\program files\python38\lib\site-packages\pep8.py:110: FutureWarning: Possible
 nested set at position 1
  EXTRANEOUS_WHITESPACE_REGEX = re.compile(r'[[({] | []}),;:]')
============================= test session starts =============================
platform win32 -- Python 3.8.10, pytest-7.1.3, pluggy-1.0.0
rootdir: D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04
plugins: pep8-1.0.6
collected 0 items

============================ no tests ran in 0.04s ============================
ERROR: file or directory not found: vsearch22.py


D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>py.test --pep8 vsearch2.py
d:\program files\python38\lib\site-packages\pep8.py:110: FutureWarning: Possible
 nested set at position 1
  EXTRANEOUS_WHITESPACE_REGEX = re.compile(r'[[({] | []}),;:]')
============================= test session starts =============================
platform win32 -- Python 3.8.10, pytest-7.1.3, pluggy-1.0.0
rootdir: D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04
plugins: pep8-1.0.6
collected 0 items / 1 error

=================================== ERRORS ====================================
________________________ ERROR collecting test session ________________________
Direct construction of pytest_pep8.Pep8Item has been deprecated, please use pyte
st_pep8.Pep8Item.from_parent.
See https://docs.pytest.org/en/stable/deprecations.html#node-construction-change
d-to-node-from-parent for more details.
=========================== short test summary info ===========================
ERROR
!!!!!!!!!!!!!!!!!!! Interrupted: 1 error during collection !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
============================== 1 error in 0.33s ===============================

D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>pytest --version
d:\program files\python38\lib\site-packages\pep8.py:110: FutureWarning: Possible
 nested set at position 1
  EXTRANEOUS_WHITESPACE_REGEX = re.compile(r'[[({] | []}),;:]')
pytest 7.1.3

D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>py -3 -m pytest pep8 vsearch2.py
D:\Program Files\Python38\lib\site-packages\pep8.py:110: FutureWarning: Possible
 nested set at position 1
  EXTRANEOUS_WHITESPACE_REGEX = re.compile(r'[[({] | []}),;:]')
============================= test session starts =============================
platform win32 -- Python 3.8.10, pytest-7.1.3, pluggy-1.0.0
rootdir: D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04
plugins: pep8-1.0.6
collected 0 items

============================ no tests ran in 0.05s ============================
ERROR: file or directory not found: pep8


D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>py -3 -m pytest --pep8 vsearch2.py
D:\Program Files\Python38\lib\site-packages\pep8.py:110: FutureWarning: Possible
 nested set at position 1
  EXTRANEOUS_WHITESPACE_REGEX = re.compile(r'[[({] | []}),;:]')
============================= test session starts =============================
platform win32 -- Python 3.8.10, pytest-7.1.3, pluggy-1.0.0
rootdir: D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04
plugins: pep8-1.0.6
collected 0 items / 1 error

=================================== ERRORS ====================================
________________________ ERROR collecting test session ________________________
Direct construction of pytest_pep8.Pep8Item has been deprecated, please use pyte
st_pep8.Pep8Item.from_parent.
See https://docs.pytest.org/en/stable/deprecations.html#node-construction-change
d-to-node-from-parent for more details.
=========================== short test summary info ===========================
ERROR
!!!!!!!!!!!!!!!!!!! Interrupted: 1 error during collection !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
============================== 1 error in 0.35s ===============================

D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>pep8 vsearch2.py
d:\program files\python38\lib\site-packages\pep8.py:110: FutureWarning: Possible
 nested set at position 1
  EXTRANEOUS_WHITESPACE_REGEX = re.compile(r'[[({] | []}),;:]')
d:\program files\python38\lib\site-packages\pep8.py:2123: UserWarning:

pep8 has been renamed to pycodestyle (GitHub issue #466)
Use of the pep8 tool will be removed in a future release.
Please install and use `pycodestyle` instead.

$ pip install pycodestyle
$ pycodestyle ...

  warnings.warn(
vsearch2.py:5:11: E225 missing whitespace around operator
vsearch2.py:9:31: E231 missing whitespace after ','
vsearch2.py:12:1: W391 blank line at end of file

D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
D:\PythonProjects\pythonstudy\ch04>
 

<think> 我们正在讨论netMHCpan-4.1软件的使用。用户询问如何运行测试命令,例如给出的示例:../netMHCpan -p test.pep > test.pep.myout。 根据用户提供的示例,这是一个在命令行中运行的命令。让我们逐步解释: 1. `../netMHCpan`:这表示运行位于当前目录的上一级目录中的可执行文件`netMHCpan`。 2. `-p test.pep`:这是指定输入文件为`test.pep`,其中`-p`选项通常用于指定肽段文件(peptide file)。 3. `> test.pep.myout`:这是将标准输出重定向到文件`test.pep.myout`中,即把程序运行结果保存到该文件。 但是,为了确保正确性,我们需要参考netMHCpan的官方文档。通常,netMHCpan的输入文件包含需要预测的肽段序列,每行一个肽段。 由于用户提到的是测试命令,我们可以假设用户已经安装好了软件,并且有测试数据(如`test.pep`)。 步骤: 1. 确保软件安装正确,并且可执行文件`netMHCpan`在指定的位置(这里是在上一级目录)。 2. 准备测试文件`test.pep`,该文件应包含肽段序列,每行一个,例如: AAAAA KLFGG ... 3. 在命令行中运行给定的命令。 但是,请注意,netMHCpan可能需要其他依赖和环境变量设置(例如设置`NETMHCpan`环境变量指向数据目录)。在运行之前,用户应该已经按照安装说明配置好环境。 另外,netMHCpan-4.1可能有不同的选项,用户可以通过运行`../netMHCpan -h`查看帮助信息。 因此,更详细的步骤: - 打开终端。 - 切换到包含测试文件`test.pep`的目录(假设该目录下没有可执行文件,而可执行文件在上一级目录)。 - 运行命令:`../netMHCpan -p test.pep > test.pep.myout` 如果出现权限问题,可能需要给可执行文件添加执行权限:`chmod +x ../netMHCpan` 此外,如果测试文件不在当前目录,则需要使用正确的路径。例如,如果测试文件在`data`子目录下,则可以使用:`../netMHCpan -p data/test.pep > test.pep.myout` 注意:输出文件`test.pep.myout`将会在当前目录下生成。 由于用户提到的是测试命令,我们还可以建议使用软件自带的测试数据(如果有的话)。通常,软件安装包中会包含示例文件,用户可以用这些文件来测试。 如果用户还没有测试数据,可以尝试使用软件自带的示例,或者自己创建一个小文件,包含几条肽段序列。 重要:根据netMHCpan的文档,输入肽段的长度必须一致,且长度范围通常是8-15个氨基酸(具体取决于版本和模型)。因此,测试文件中的肽段长度应该相同,并在支持的范围内。 总结运行测试命令的步骤: 1. 准备测试肽段文件(每行一个肽段序列,长度一致且在支持范围内)。 2. 在命令行中导航到测试文件所在目录。 3. 运行命令:`../netMHCpan -p test.pep > test.pep.myout` (注意可执行文件的路径和输入文件路径要正确)。 4. 检查输出文件`test.pep.myout`是否有内容,以及是否有错误信息。 如果用户遇到问题,可以检查: - 可执行文件路径是否正确。 - 测试文件是否存在且格式正确。 - 环境变量是否设置正确(根据安装文档)。 此外,netMHCpan-4.1版本可能还有其他选项,例如指定等位基因(使用`-a`选项),如果没有指定,可能会使用默认的等位基因。在测试时,可能也需要指定等位基因。例如: ../netMHCpan -a HLA-A*02:01 -p test.pep > test.pep.myout 因此,建议用户查看帮助(`../netMHCpan -h`)以获取更多选项信息。 最后,我们生成相关问题。 </think> ### 运行 netMHCpan-4.1 测试命令指南 要运行 netMHCpan-4.1 的测试命令,请按以下步骤操作: 1. **准备测试文件** 创建包含肽段序列的文本文件(如 `test.pep`),每行一个肽段(长度需在8-15个氨基酸之间): ```plaintext AYTFGHAEL KLPECGLMN QWERTYIPL ``` 2. **执行测试命令** 切换到软件目录,运行命令格式: ```bash ./netMHCpan -p [输入文件] > [输出文件] ``` 例如: ```bash # 相对路径执行 ./netMHCpan -p test.pep > test.pep.myout # 或通过绝对路径执行 /home/user/netMHCpan-4.1/netMHCpan -p /path/to/test.pep > /path/to/output.myout ``` 3. **关键参数说明** - `-p`:指定肽段输入文件(必需) - `-a`:指定HLA等位基因(如未指定则用默认值) 示例:`./netMHCpan -a HLA-A*02:01 -p test.pep > output.txt` - `-l`:设置肽段长度(默认扫描8-12aa) 示例:`./netMHCpan -l 9 -p test.pep > output.txt` - 查看完整参数:`./netMHCpan -h` 4. **验证运行** 成功执行后: - 输出文件包含表位结合亲和力预测结果 - 典型输出列:`Pos Peptide ID ... %Rank BindLevel` - 检查错误日志:若运行失败,终端会显示具体报错 **常见问题解决**: - **权限问题**:执行 `chmod +x netMHCpan` 添加可执行权限 - **依赖缺失**:确保已安装依赖库(如gcc、zlib) - **文件路径错误**:使用绝对路径避免路径问题 - **肽段长度错误**:确保所有肽段长度一致且在8-15范围内 > 注意:netMHCpan要求输入肽段长度一致,混合长度肽段需先分组处理[^1]。测试前建议阅读官方文档确认数据类型要求。
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