4、R语言在系统发育分析中的基础应用与数据结构

R语言在系统发育分析中的基础应用与数据结构

1 R语言基础操作

1.1 命令历史管理

在R的命令行界面（CLI）中输入的所有命令都会被存储在内存中。可以使用 history() 命令显示这些命令，使用 savehistory() 将命令保存到文件（默认文件名为 .Rhistory ），使用 loadhistory() 将命令加载到内存。

1.2 R函数的使用

• 函数执行 ：执行函数时，无论是否有参数，都需要使用括号。若不使用括号直接输入函数名，则会打印函数的内容。参数之间用逗号分隔。
• 参数指定方式 ：有两种指定函数参数的方式，即按位置指定和按名称指定（也称为带标签的参数）。例如，对于一个有三个参数的假设函数 fcn(arg1, arg2, arg3) ，可以按位置指定参数，如 fcn(x, y, z) ；也可以按名称指定，如 fcn(arg3 = z, arg2 = y, arg1 = x) ，此时参数的位置就不重要了。
• 默认值 ：R函数可以使用默认值（也称为选项）。例如，定义函数 fcn(arg1, arg2 = 5, arg3 = FALSE) ，则 fcn(x) 和 fcn(x, 5, FALSE