3D-TransUNet项目中使用nnUNetV1生成预处理文件的技术指南

3D-TransUNet项目中使用nnUNetV1生成预处理文件的技术指南

在医学图像分割领域，3D-TransUNet是一个结合了Transformer和UNet架构的先进模型。本文将详细介绍如何正确生成模型训练所需的预处理文件，特别是default_plans_identifier_plans_2D.pkl文件。

版本兼容性问题

许多用户在预处理阶段会遇到文件格式不匹配的问题，这主要是因为3D-TransUNet项目设计时基于nnUNetV1版本，而目前nnUNet官方仓库默认安装的是V2版本。两个版本在文件格式上有显著差异：

• nnUNetV1生成.pkl格式的预处理文件
• nnUNetV2则使用.json格式

正确的安装方法

要确保生成兼容的文件，必须安装nnUNetV1版本。3D-TransUNet项目提供了安装脚本，其中明确指定了版本：

pip install nnunet==1.7.0

如果已经安装了错误版本，建议创建新的虚拟环境重新安装，以避免版本冲突。

预处理流程详解

正确的预处理命令应遵循以下格式：

nnUNet_plan_and_preprocess -t [任务ID] -pl2d [2D规划器] -pl3d [3D规划器]

其中：

• 任务ID对应数据集编号
• -pl2d参数指定2D规划器（如ExperimentPlanner2D_v21）
• -pl3d参数指定3D规划器（如需跳过3D预处理可设为None）

例如，仅进行2D预处理的典型命令为：

nnUNet_plan_and_preprocess -t 501 -pl2d ExperimentPlanner2D_v21 -pl3d None

环境变量配置

在执行预处理前，必须正确设置以下环境变量：

• nnUNet_raw_data_base：原始数据存储路径
• nnUNet_preprocessed：预处理输出路径
• RESULTS_FOLDER：训练结果保存路径

这些变量应与训练脚本中的设置保持一致，确保整个流程的连贯性。

常见问题解决

1. 文件格式不匹配：确认安装的是nnUNetV1而非V2版本
2. 预处理失败：检查环境变量是否正确设置
3. 规划器选择：根据实际需求选择2D或3D规划器，或同时使用

最佳实践建议

1. 为3D-TransUNet项目创建专用环境
2. 严格按照项目文档中的版本要求安装依赖
3. 预处理前验证nnUNet版本（可通过pip show nnunet查看）
4. 保留完整的预处理日志以备排查问题

通过遵循以上指南，用户可以顺利生成3D-TransUNet所需的预处理文件，为后续模型训练奠定基础。理解版本差异和正确的预处理流程对于医学图像处理项目的成功实施至关重要。