MetaMorpheus输出变量定义与单位详解

MetaMorpheus输出变量定义与单位详解

MetaMorpheus是一款强大的蛋白质组学数据分析工具，其输出结果包含大量专业变量。本文将系统梳理这些变量的定义、单位及其在蛋白质组学研究中的意义，帮助研究人员准确理解和使用分析结果。

基本质谱参数

Precursor Charge（前体电荷）：表示母离子的电荷状态，是一个无量纲的整数值。该参数反映了肽段在质谱分析中的电离状态，对于确定肽段质量至关重要。

Precursor MZ（前体质荷比）：单位为道尔顿(Da)，表示母离子的质量-电荷比。这是质谱分析中最基础的参数之一，用于识别潜在的肽段。

Theoretical MZ（理论质荷比）：单位为道尔顿(Da)，表示根据数据库匹配计算得到的肽段理论质荷比。与实测质荷比的比较可以评估匹配质量。

定量与强度参数

Intensity_"filename"（强度值）：单位为任意强度单位(AU)，表示在特定文件中检测到的肽段信号强度。该参数用于相对定量分析，比较不同样品中相同肽段的丰度差异。

Peak Intensity（峰强度）：单位为任意强度单位(AU)，表示色谱峰的最大强度值。反映了肽段在该保留时间点的信号强度。

Total Ion Current（总离子流）：单位为任意强度单位(AU)，表示质谱图中所有离子的总信号强度。可用于评估质谱运行的整体质量。

保留时间参数

MS2 Retention Time（MS2保留时间）：单位为分钟(min)，表示肽段在液相色谱中的保留时间。该参数对于保留时间对齐和跨实验比较非常重要。

Peak RT Start/Peak RT Apex/Peak RT End（峰起始/顶点/结束保留时间）：单位均为分钟(min)，描述色谱峰的三个关键时间点。这些参数定义了肽段洗脱的时间窗口。

Peak Split Valley RT（峰分裂谷保留时间）：单位为分钟(min)，当色谱峰出现分裂时，表示两个子峰之间最低点的保留时间。用于评估色谱峰的纯度。

质量精度与匹配参数

Peak Apex Mass Error（峰顶点质量误差）：单位为百万分率(ppm)，表示实测质荷比与理论值在色谱峰顶点处的偏差。质量误差越小，匹配可信度越高。

Normalized Spectral Angle（归一化谱角）：无量纲参数，范围0-1，表示实验谱图与理论谱图之间的相似度。值越接近1表示匹配度越高。

PEP（后验错误概率）：表示肽段谱图匹配错误的概率估计。该值越小，匹配可信度越高。

PEP_QValue（基于PEP的Q值）：表示经过错误发现率(FDR)校正后的PEP值。通常以0.01作为显著性阈值。

蛋白质推断参数

Protein QValue（蛋白质Q值）：表示蛋白质鉴定的错误发现率。该值越小，蛋白质鉴定越可靠。

Protein Cumulative Target/Decoy（蛋白质累计靶标/诱饵）：分别表示靶标数据库和诱饵数据库中匹配到该蛋白质的谱图数量。用于FDR估计。

Fragment Sequence Coverage（片段序列覆盖率）：表示被检测到的碎片离子覆盖的肽段序列比例。覆盖率越高，鉴定越可靠。

高级分析参数

Ambiguity Level（歧义水平）：表示肽段可能对应多个蛋白质的程度。值越高表示肽段特异性越低。

MBR Score（基于匹配的保留时间评分）：表示跨实验匹配的可信度评分。用于保留时间对齐质量评估。

PSMs Mapped（映射的PSM数量）：表示成功映射到蛋白质的肽段谱图匹配数量。反映鉴定的全面性。

Base/Full Sequences Mapped（基础/完整序列映射）：分别表示鉴定到的基础肽段序列和完整修饰肽段序列数量。

理解这些参数的定义和单位对于正确解读MetaMorpheus分析结果至关重要。研究人员应根据具体分析目的，重点关注相关参数，并结合多个指标综合评估数据质量。