Funannotate项目中GeneMark-ES/ET/EP安装问题解决方案

Funannotate项目中GeneMark-ES/ET/EP安装问题解决方案

【免费下载链接】funannotate Eukaryotic Genome Annotation Pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/fu/funannotate

问题背景

在使用Funannotate进行基因组注释时，GeneMark-ES/ET/EP是一个重要的基因预测工具。然而，许多用户在安装和配置GeneMark时遇到了"gmes_petap.pl not installed"的错误提示。本文将详细介绍如何正确安装和配置GeneMark，使其与Funannotate兼容。

GeneMark安装步骤详解

1. 获取GeneMark软件包

首先需要从GeneMark官方网站下载Linux 64位版本的软件包。目前最新版本为4.72_lic (LINUX 64 kernel 3.10 - 5)。下载后会得到两个压缩包：gm_key_64.gz和gmes_linux_64_4.tar.gz。

2. 安装许可证密钥

正确安装GeneMark的关键步骤是处理许可证密钥：

1. 解压gm_key_64.gz文件
2. 将解压后的gm_key文件复制到用户主目录下并重命名为隐藏文件.gm_key

具体命令如下：

gunzip gm_key_64.gz
cp gm_key ~/.gm_key

注意：用户主目录通常指/home/用户名/，在命令行中可以用~表示。

3. 解压并配置GeneMark主程序

解压主程序包并进入目录：

tar -xzvf gmes_linux_64_4.tar.gz
cd gmes_linux_64_4

修改Perl脚本路径： GeneMark默认使用/usr/bin/perl，但conda环境中的perl路径不同。使用自带的change_path_in_perl_scripts.pl脚本修改所有Perl脚本的shebang行：

perl change_path_in_perl_scripts.pl "/home/gfz3/miniconda3/envs/funannotate/bin/perl"

4. 设置环境变量

在.bashrc或当前shell中设置GENEMARK_PATH环境变量，指向GeneMark的安装目录：

export GENEMARK_PATH=/home/gfz3/mojf/sofware/gmes_linux_64_4

为了使设置永久生效，可以将这行命令添加到~/.bashrc文件中，然后执行：

source ~/.bashrc

验证安装

完成上述步骤后，运行以下命令验证安装是否成功：

funannotate check --show-versions

如果一切配置正确，应该不再出现"gmes_petap.pl not installed"的错误提示。

常见问题排查

1. 密钥位置错误：确保.gm_key文件位于用户主目录(~/)下，而不是GeneMark安装目录中。

2. 环境变量未生效：检查GENEMARK_PATH是否设置正确，可以使用echo $GENEMARK_PATH命令验证。

3. Perl路径错误：确认change_path_in_perl_scripts.pl脚本修改了所有Perl脚本的第一行，指向正确的perl解释器路径。

4. 权限问题：确保对GeneMark目录和.gm_key文件有读取权限。

总结

GeneMark在Funannotate流程中扮演着重要角色，正确安装和配置是保证基因组注释质量的关键。通过遵循上述步骤，大多数用户应该能够解决"gmes_petap.pl not installed"的问题。如果仍然遇到困难，建议检查每一步的执行结果，确保没有遗漏任何细节。

【免费下载链接】funannotate Eukaryotic Genome Annotation Pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/fu/funannotate