microeco包中嵌套分类单元可视化功能的使用技巧

microeco包中嵌套分类单元可视化功能的使用技巧

【免费下载链接】microeco An R package for data analysis in microbial community ecology 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/microeco

概述

microeco是一个强大的微生物生态学数据分析R包，提供了丰富的可视化功能。其中，trans_abund类中的plot_bar方法支持嵌套分类单元的可视化，能够同时展示高级分类单元和下级分类单元的丰度信息。本文将详细介绍该功能的使用方法、常见问题及解决方案。

嵌套分类单元可视化功能

嵌套分类单元可视化允许用户在同一个图中展示不同分类层级的微生物组成信息。例如，可以同时展示门(Phylum)和纲(Class)水平的分类单元丰度。

基本使用方法

library(microeco)
# 使用示例数据集
data(dataset)

# 创建trans_abund对象
test1 <- trans_abund$new(dataset = dataset, 
                        taxrank = "Class", 
                        ntaxa = 10, 
                        high_level = "Phylum", 
                        prefix = "|")

# 绘制嵌套条形图
test1$plot_bar(ggnested = TRUE, 
              facet = c("Group", "Type"), 
              xtext_angle = 30)

参数说明

• taxrank: 指定主要展示的分类层级
• ntaxa: 选择展示的顶级分类单元数量
• high_level: 指定高级分类层级
• prefix: 用于分隔不同分类层级的符号
• ggnested: 设置为TRUE启用嵌套可视化
• facet: 指定分面变量

常见问题及解决方案

1. 参数错误导致的报错

在使用过程中，用户可能会遇到如下错误：

Error in data.frame(group = groups, group_colour = clr_pal[1:n_clrs]) :
arguments imply differing number of rows: 0, 1

解决方案：

• 确保prefix参数使用正确的符号"|"，而非转义字符"\|"
• 检查R包版本是否最新，建议更新所有依赖包
• 如问题持续，可尝试重新安装R和所有相关包

2. 非严格层级关系数据的处理

当高级分类单元和下级分类单元之间不存在严格的一对多关系时（例如不同超类包含相同的门），会导致可视化结果异常，如相对丰度超过100%。

解决方案：

# 创建临时唯一标识
d1 <- clone(test)
d1$tax_table$Phylum <- paste0(d1$tax_table$Phylum, ": ", d1$tax_table$Superclass1)
d1$cal_abund(select_cols = c("Superclass1", "Phylum", "Genus"), rel = TRUE)

# 创建可视化对象
test1 <- trans_abund$new(dataset = d1, 
                        taxrank = "Phylum", 
                        high_level = "Superclass1", 
                        prefix = "|")

# 绘制图形后修正标签
test1$data_abund$Taxonomy <- gsub(": .*", "", test1$data_abund$Taxonomy)
test1$data_taxanames <- c("p__Firmicutes", "p__Proteobacteria", "p__Actinobacteria")
test1$plot_bar(ggnested = TRUE, facet = c("group", "time"))

高级应用技巧

1. 固定每个高级分类单元中显示的下级分类单元数量

test1 <- trans_abund$new(dataset = dataset, 
                        taxrank = "Class", 
                        ntaxa = 30, 
                        show = 0, 
                        high_level = "Phylum", 
                        high_level_fix_nsub = 4)

2. 在每个高级分类单元中汇总其他分类单元

test1 <- trans_abund$new(dataset = dataset, 
                        taxrank = "Class", 
                        ntaxa = 20, 
                        show = 0, 
                        high_level = "Phylum", 
                        high_level_fix_nsub = 3, 
                        prefix = "|")
test1$plot_bar(ggnested = TRUE, 
              high_level_add_other = TRUE, 
              xtext_angle = 30, 
              facet = c("Group", "Type"))

总结

microeco包的嵌套分类单元可视化功能为微生物群落分析提供了强大的工具。使用时需注意分类层级的严格对应关系，合理设置prefix参数，并根据实际需求选择不同的展示方式。对于非标准分类关系的数据，可采用临时创建唯一标识的方法解决可视化问题。掌握这些技巧将帮助研究人员更有效地展示复杂的微生物群落组成数据。

【免费下载链接】microeco An R package for data analysis in microbial community ecology 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/microeco