dcm2niix项目中GE DWI扫描数据b=0体积被错误移除的问题分析

dcm2niix项目中GE DWI扫描数据b=0体积被错误移除的问题分析

【免费下载链接】dcm2niix dcm2nii DICOM to NIfTI converter: compiled versions available from NITRC 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/dc/dcm2niix

问题背景

dcm2niix作为医学影像处理领域广泛使用的DICOM转NIfTI工具，在最新版本v1.0.20230411中处理GE扫描仪采集的扩散加权成像(DWI)数据时出现了一个重要问题。该版本会错误地将部分合法的b=0体积识别为"ADC或trace图像"而移除，导致最终输出的数据丢失了关键的基准信号信息。

问题表现

当使用v1.0.20230411版本处理特定GE扫描仪采集的DWI数据时，工具会输出警告信息"6 volumes appear to be ADC or trace images that will be removed"，实际上移除了6个合法的b=0体积。这些被移除的体积在bval文件中明确标记为b=0，且对应的bvec向量为[0,0,0]，完全符合DWI数据的规范要求。

技术原因分析

经过开发团队的深入调查，发现该问题源于以下技术原因：

1. Vas collapse flag处理逻辑缺陷：在GE DTI数据中，图像级别的Vas collapse flag(0043,1030)可能有两种取值：14(代表T2图像，即初始b=0图像)或16(代表DTI图像)。原代码未能正确处理值为14的情况。

2. 历史数据兼容性问题：该问题主要影响29.1版本之前的GE多壳层数据，这些数据中b=0图像在DICOM标签中被错误标记(bval>0但bvec全为0)。新版本MR30.1的数据已经修正了这一问题。

3. 警告信息优化：同时解决了两个相关警告信息的处理：

   • 原"GE sequence with 1 echoes"警告现在仅针对非扩散序列(如fMRI)
   • 移除了"Some images had bval>0 but bvec=0"警告，因为b=0图像现在由geCorrectBvecs()函数专门处理

解决方案

开发团队已经提交了修复该问题的代码变更，主要改进包括：

1. 完善了Vas collapse flag的处理逻辑，能够正确识别值为14的情况
2. 增加了对GE DTI数据的更精确判断
3. 优化了相关警告信息的输出逻辑

验证与确认

用户反馈表明，开发版本v1.0.20240117已成功解决了这一问题。修复后的版本能够正确保留所有合法的b=0体积，同时移除了真正不需要的ADC或trace图像。

对用户的影响与建议

对于使用GE扫描仪采集DWI数据的研究人员：

1. 建议升级到包含修复的dcm2niix版本(v1.0.20240117或更高)
2. 处理历史数据时，应检查是否有多余的b=0体积被错误移除
3. 新采集的数据(MR30.1及以后版本)不会出现此问题

该修复确保了DWI数据处理的准确性，特别是对于需要精确b=0基准信号的多壳层扩散分析研究具有重要意义。

【免费下载链接】dcm2niix dcm2nii DICOM to NIfTI converter: compiled versions available from NITRC 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/dc/dcm2niix