SeuratWrappers 项目推荐

SeuratWrappers 项目推荐

1. 项目基础介绍和主要编程语言

SeuratWrappers 是一个由社区提供的扩展方法集合，专门为 Seurat 项目设计。Seurat 是一个用于单细胞 RNA 测序数据分析的 R 包，而 SeuratWrappers 则进一步扩展了其功能。该项目由 Satija Lab 在纽约基因组中心（NYGC）维护和更新。

主要编程语言: R

2. 项目核心功能

SeuratWrappers 提供了多种扩展功能，这些功能弥补了 Seurat 核心包中未包含的分析方法。以下是一些核心功能的简要介绍：

• Monocle 3: 用于计算单细胞数据的轨迹。
• scVelo: 结合 Seurat 和 scVelo 估计 RNA 速度。
• CoGAPS: 在 Seurat 对象上运行 CoGAPS 算法。
• glmpca: 在 Seurat 对象上运行广义线性模型主成分分析（GLM-PCA）。
• Conos: 用于数据集的整合。
• LIGER: 使用 LIGER 方法整合 Seurat 对象。
• fastMNN: 在 Seurat 对象上运行 fastMNN 算法。
• Harmony: 使用 Harmony 进行数据集整合。
• ALRA: 进行零保留的插补。
• Velocity: 估计 RNA 速度。
• schex: 使用 schex 包进行基因表达的可视化。
• alevin: 将 alevin 计数导入 Seurat。
• Nebulosa: 使用 Nebulosa 进行基因表达的可视化。
• CIPR: 使用 CIPR 分析人类 PBMC 数据。
• miQC: 在 Seurat 对象上运行 miQC。
• tricycle: 使用 tricycle 估计细胞周期位置。

3. 项目最近更新的功能

SeuratWrappers 项目持续更新，以提供最新的分析方法和功能。最近的更新可能包括但不限于以下内容：

• 新方法的添加: 可能会引入新的分析方法，如新的轨迹计算方法、速度估计方法等。
• 性能优化: 对现有方法进行性能优化，提高计算效率。
• 文档更新: 更新和完善方法的使用文档，提供更详细的指导和示例。
• Bug 修复: 修复已知的问题和错误，确保方法的稳定性和可靠性。

请访问项目的 GitHub 页面以获取最新的更新日志和详细信息。