MZmine3中基于原始MS/MS谱图的直接谱库检索方法解析
背景与需求场景
在代谢组学数据分析中，谱库检索是化合物鉴定的关键环节。传统流程通常需要先进行特征检测（feature detection）生成特征表（feature table），再对特征进行谱库匹配。然而在某些特定场景下，研究人员可能希望直接对原始质谱文件中的MS/MS二级谱图进行快速检索，例如：
- 针对特定质荷比区间的目标筛查
- 验证手动筛选的候选谱图
- 快速预览数据质量时避免完整流程的计算开销
MZmine3的解决方案
MZmine3提供了"MSn Tree"特征列表构建器作为替代方案，其核心优势在于：
- 跳过常规的特征检测步骤（如色谱峰提取、对齐等）
- 直接基于原始数据中的MS2谱图生成特征列表
- 保留完整的碎片离子信息用于后续谱库匹配
技术实现要点
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前置步骤要求：
- 仍需进行基本的质量检测（Mass Detection）
- 需要确保MS2谱图已被正确采集和存储
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工作流程：
- 通过MSn Tree模块自动识别所有含MS2谱图的母离子
- 为每个母离子创建对应的特征条目
- 保留原始MS2谱图的完整碎片信息
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后续分析：
- 生成的临时特征表可直接用于谱库搜索
- 支持NIST、GNPS等常见谱库格式
- 可结合保留时间等信息提高鉴定准确性
应用建议
该方法特别适用于：
- 快速验证特定化合物的存在
- 处理低复杂度样本的快速筛查
- 教学演示中展示谱图匹配原理
- 质控检查时评估MS2数据质量
对于需要完整定量分析的研究，仍建议采用标准特征检测流程以保证数据完整性。但对于上述特定场景，MSn Tree方法可显著提升分析效率。
注意事项
- 该方法生成的临时特征表不包含色谱峰形信息
- 定量分析时仍需回归标准流程
- 建议对重要结果进行标准流程验证
创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考
