解析proseg项目处理MERSCOPE FFPE数据的技术要点

解析proseg项目处理MERSCOPE FFPE数据的技术要点

proseg Probabilistic cell segmentation for in situ spatial transcriptomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/proseg

proseg是一个用于空间转录组数据分析的开源工具，在处理MERSCOPE FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）样本数据时，需要特别注意数据预处理步骤。本文将详细介绍处理这类特殊样本的技术要点。

FFPE样本数据的特殊性

MERSCOPE FFPE样本数据与常规MERFISH数据在数据结构上存在差异，主要体现在转录本与细胞ID的对应关系上。常规MERFISH数据会直接为每个转录本分配细胞ID，而FFPE样本数据采用了不同的命名规范，需要额外的处理步骤才能与proseg兼容。

转录本到细胞的分配方法

为了将FFPE样本数据转换为proseg可处理的格式，需要进行以下关键步骤：

1. 数据准备：需要获取两个关键文件

   • detected_transcripts.csv.gz：包含检测到的所有转录本信息
   • cell_boundaries目录：包含细胞边界定义信息

2. 转换处理：使用专门的Python脚本将原始数据转换为proseg兼容格式。该脚本会：

   • 解析转录本的空间坐标信息
   • 根据细胞边界定义确定每个转录本所属的细胞
   • 生成包含转录本-细胞对应关系的输出表格

3. proseg运行参数：处理后的数据需要使用--merfish参数运行proseg，虽然该参数已被标记为"deprecated"，但对于FFPE样本数据的分析仍然是必要的。

实际应用建议

对于希望使用proseg分析MERSCOPE FFPE数据的研究人员，建议：

1. 确保数据文件的完整性和路径正确性
2. 注意Python脚本运行环境的依赖项配置
3. 转换后的数据质量直接影响后续分析结果，建议进行必要的质量控制
4. 虽然--merfish参数显示为不推荐使用，但在FFPE数据分析场景下可以安全使用

通过以上步骤，研究人员可以成功地将MERSCOPE FFPE样本数据转换为proseg可处理的格式，进而利用proseg强大的空间转录组分析功能进行深入研究。

proseg Probabilistic cell segmentation for in situ spatial transcriptomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/proseg