ProSeg项目对Xenium Analyzer V3.x数据格式的支持分析

ProSeg项目对Xenium Analyzer V3.x数据格式的支持分析

proseg Probabilistic cell segmentation for in situ spatial transcriptomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/proseg

在单细胞空间转录组分析领域，10x Genomics的Xenium平台是当前主流技术之一。随着Xenium Analyzer从V2.0升级到V3.x版本，其输出文件格式也发生了变化，这对下游分析工具提出了新的兼容性要求。本文将重点分析ProSeg项目对Xenium Analyzer V3.x新数据格式的支持情况。

Xenium Analyzer版本升级带来的变化

Xenium Analyzer V2.0版本生成的转录本数据文件为transcripts.csv.gz格式，这是一种常见的压缩文本格式。而在V3.x版本中，10x Genomics改用两种新格式存储转录本数据：

1. transcripts.parquet - Apache Parquet是一种列式存储格式，具有高效的压缩和查询性能
2. transcripts.zarr.zip - Zarr是一种适用于大规模多维数组的存储格式

值得注意的是，尽管文件格式发生了变化，但文件内容在V2.0和V3.x版本之间保持了一致性，只是存储方式不同。

ProSeg对新型数据格式的支持能力

ProSeg作为专业的空间转录组分析工具，已经内置了对多种数据格式的支持：

1. 传统的CSV格式（.csv）
2. 压缩的CSV格式（.csv.gz）
3. Parquet列式存储格式（.parquet）

这种多格式支持是通过Rust语言实现的智能文件格式推断功能完成的。ProSeg会基于文件扩展名自动判断输入文件的格式，并调用相应的解析器进行处理。

实际使用建议

对于使用Xenium Analyzer V3.x生成的转录本数据，用户可以直接将transcripts.parquet文件作为ProSeg的输入，无需进行格式转换。这种原生支持不仅简化了分析流程，还能充分利用Parquet格式的高效特性。

如果用户遇到的是transcripts.zarr.zip文件，目前ProSeg尚不支持直接读取这种格式。此时可以考虑以下解决方案：

1. 使用Python等工具将数据转换为ProSeg支持的格式
2. 联系ProSeg开发者，建议增加对Zarr格式的支持

性能考量

Parquet格式相比传统的CSV具有明显的性能优势：

1. 更快的读取速度
2. 更小的存储空间占用
3. 支持列式查询，减少I/O开销

因此，建议用户优先使用Parquet格式作为ProSeg的输入，特别是在处理大规模数据集时，这种优势会更加明显。

总结

ProSeg项目已经很好地适应了Xenium平台的数据格式演进，为用户提供了无缝的分析体验。这种对新技术、新格式的快速响应能力，体现了ProSeg作为专业空间转录组分析工具的技术前瞻性。随着单细胞空间转录组技术的不断发展，我们期待ProSeg能够持续完善对各种新兴数据格式的支持。

proseg Probabilistic cell segmentation for in situ spatial transcriptomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/proseg