ViennaRNA项目对N1-甲基假尿苷修饰的支持进展

ViennaRNA项目对N1-甲基假尿苷修饰的支持进展

ViennaRNA作为RNA二级结构预测领域的重要工具包，近期在其2.7.0版本中新增了对N1-甲基假尿苷(m1Ψ)修饰的支持。这一进展为研究mRNA疫苗和疗法中常见的修饰碱基提供了新的分析手段。

技术背景

RNA修饰碱基在生物体内广泛存在，对RNA的结构和功能具有重要影响。N1-甲基假尿苷作为常见的修饰碱基之一，在mRNA疫苗中被广泛使用以提高稳定性和降低免疫原性。传统的RNA结构预测工具通常仅支持标准碱基，对修饰碱基的处理能力有限。

实现方式

ViennaRNA 2.7.0版本采用JSON格式的参数文件来支持m1Ψ修饰，而非直接编译到核心库中。这种设计基于以下考虑：

1. 参数验证：目前m1Ψ的能量参数主要来自计算机模拟预测，尚未通过充分的实验验证
2. 灵活性：JSON格式便于用户自定义和调整参数
3. 安全性：避免因参数不确定性影响核心预测算法的稳定性

使用方法

用户可以通过以下方式利用这一新特性：

1. 命令行工具：RNAfold等程序新增了加载自定义参数文件的选项
2. 编程接口：RNAlib库和Python封装都提供了相应的函数支持
3. 参数调整：高级用户可以根据需要修改JSON文件中的能量参数

未来展望

ViennaRNA团队表示将继续关注其他RNA修饰碱基的研究进展，如5-甲基胞嘧啶(m5C)和N7-甲基鸟苷(m7G)等。一旦这些修饰碱基的能量参数通过实验验证，将会被逐步纳入到后续版本中。

这一更新体现了ViennaRNA项目对前沿RNA研究需求的快速响应能力，为RNA修饰研究提供了重要的工具支持。研究人员现在可以更准确地预测含有m1Ψ修饰的RNA分子结构，为mRNA药物设计和基础研究提供新的分析维度。