MZmine3中直接进样数据的谱图/分子网络分析技术指南

MZmine3中直接进样数据的谱图/分子网络分析技术指南

概述

在代谢组学和蛋白质组学研究中，MZmine3作为一款强大的质谱数据处理工具，能够处理各种类型的质谱数据，包括直接进样(Direct Infusion)或流动注射(Flow Injection)获得的质谱数据。本文将详细介绍如何在MZmine3中正确处理直接进样数据，并构建基于MS/MS谱图相似性的分子网络。

直接进样数据的特殊性

直接进样实验与常规LC-MS/MS实验不同，其特点包括：

• 没有保留时间维度
• 所有离子同时进入质谱仪
• 通常采用靶向MS/MS采集模式
• 同一前体离子可能被多次碎裂

这些特点要求我们在MZmine3中采用特殊的数据处理流程，避免将同一前体的多次碎裂误判为不同特征。

数据处理流程优化

1. 数据导入与质量检测

首先导入Thermo .raw格式的原始数据文件，进行基本质量检测。对于Q-Exactive HF-X等高性能质谱仪获得的数据，建议使用较高的质量精度参数(如50 ppm或0.05 m/z)。

2. 特征检测策略

对于直接进样数据，推荐两种特征检测方法：

方法一：MSn特征列表构建器

• 直接基于MS/MS谱图构建特征
• 忽略保留时间维度
• 适合靶向MS/MS数据

方法二：色谱图构建器+MS2分组

• 先构建"伪色谱图"
• 然后对MS2谱图进行分组
• 适合包含全扫描MS1的数据

3. 谱图/分子网络构建

构建分子网络时需注意：

• 确保同一前体的所有MS/MS谱图被正确分组
• 检查特征表中MS2谱图是否被正确分配
• 可通过特征表右上角的"+"按钮添加列查看MS2分配情况

常见问题解决方案

问题1：同一前体出现多个节点

解决方案：

• 检查MSn树构建器中的m/z容差参数
• 对于Q-Exactive HF-X数据，建议使用0.05 m/z或50 ppm
• 确保MS2谱图被正确分组到特征

问题2：网络可视化不理想

解决方案：

• 检查数据质量，确保MS/MS谱图质量足够
• 调整相似性计算参数
• 考虑使用交互式离子身份分子网络工具

针对肽段数据的特别说明

MZmine3完全支持肽段数据分析，但需要注意：

• 肽段片段化模式与代谢物不同
• 可能需要调整碎片离子匹配参数
• 对于DIA/SWATH数据，需要先构建伪MS2谱图

总结

MZmine3为直接进样质谱数据提供了灵活的分析流程。通过合理选择特征检测方法和参数设置，用户可以构建高质量的分子网络，用于代谢物注释或肽段分析。对于初学者，建议从mzwizard中的"直接进样"预设流程开始，再根据具体需求调整参数。