TotalSegmentator中ROI子集命名变更对肺部血管分割的影响-优快云博客

TotalSegmentator中ROI子集命名变更对肺部血管分割的影响

【免费下载链接】TotalSegmentator Tool for robust segmentation of >100 important anatomical structures in CT images 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/to/TotalSegmentator

背景介绍

TotalSegmentator是一个强大的医学图像分割工具，能够对人体CT图像中的多种器官和组织进行自动分割。该工具提供了灵活的接口，允许用户通过roi_subset参数选择需要分割的特定区域。然而，近期版本更新中对部分ROI(感兴趣区域)的命名进行了调整，这给一些用户带来了困扰。

问题现象

用户在使用TotalSegmentator进行肺部血管分割时，遇到了KeyError: 'lung_upper_left'的错误提示。该用户原本使用的代码片段如下：

totalsegmentator(input_path, output_path, preview=False,
                roi_subset=['lung_upper_left', 'lung_upper_right', 
                           'lung_lower_left', 'lung_lower_right',
                           'lung_middle_right'])

值得注意的是，这段代码在几个月前的版本中可以正常运行，但在最新版本中却出现了错误。用户尝试使用task="lung_vessels"参数可以正常工作，但无法获得完整的肺部结构分割结果。

问题根源

经过排查发现，这是由于TotalSegmentator在新版本中对肺部相关ROI的命名规范进行了调整。具体变更如下：

旧命名	新命名
lung_upper_left	lung_upper_lobe_left
lung_upper_right	lung_upper_lobe_right
lung_lower_left	lung_lower_lobe_left
lung_lower_right	lung_lower_lobe_right
lung_middle_right	lung_middle_lobe_right

这种命名变更使得使用旧版ROI名称的代码无法在新版本中正常运行，导致了KeyError错误。

解决方案

要解决这个问题，用户需要将代码中的ROI名称更新为最新版本支持的命名方式：

totalsegmentator(input_path, output_path, preview=False,
                roi_subset=['lung_upper_lobe_left', 'lung_upper_lobe_right',
                           'lung_lower_lobe_left', 'lung_lower_lobe_right',
                           'lung_middle_lobe_right'])

扩展应用

TotalSegmentator的roi_subset参数不仅可以用于肺部结构分割，还可以用于其他器官的分割。例如，要分割腹部主要器官，可以使用以下代码：

totalsegmentator(inPath, outPath, preview=False,
                roi_subset=['liver', 'gallbladder',
                          'kidney_left', 'kidney_right',
                          'pancreas', 'spleen', 'stomach'])

最佳实践建议

查阅最新文档：在使用TotalSegmentator时，建议查阅项目的最新文档，了解当前版本支持的ROI名称列表。
版本兼容性：如果项目需要长期维护，建议记录使用的TotalSegmentator版本号，以便后续复现结果。
错误处理：在代码中添加适当的错误处理机制，当遇到KeyError时能够给出更友好的提示信息。
测试验证：在升级TotalSegmentator版本后，建议先在小规模数据集上测试原有代码的兼容性。

总结

TotalSegmentator作为医学图像分割的有力工具，其功能不断优化完善。本次ROI命名的变更反映了项目团队对解剖结构描述的规范化努力。用户在使用过程中应关注版本更新带来的变化，及时调整代码以适应新版本的要求。通过正确使用roi_subset参数，可以灵活地获取特定器官或组织的分割结果，满足不同研究或临床需求。

【免费下载链接】TotalSegmentator Tool for robust segmentation of >100 important anatomical structures in CT images 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/to/TotalSegmentator

创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考