RDKit 2025.03.3版本发布：化学信息学工具库的重要更新

RDKit 2025.03.3版本发布：化学信息学工具库的重要更新

rdkit The official sources for the RDKit library 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rd/rdkit

RDKit是一个开源的化学信息学工具库，广泛应用于药物发现、材料科学和化学信息处理领域。它提供了丰富的功能，包括分子结构处理、化学描述符计算、分子指纹生成、子结构搜索等。2025年03月发布的第三个维护版本（2025.03.3）带来了一系列功能增强和问题修复，进一步提升了库的稳定性和功能性。

核心功能增强

本次更新在分子处理、构象生成和子结构搜索等方面进行了多项改进：

1. SCSR解析支持：新增了SCSR（Simplified Chemical Structure Representation）格式的解析功能，这种格式在药物发现领域特别有用，能够简化复杂分子结构的表示和处理。

2. 构象生成优化：ETKDG（Experimental-Torsion basic Knowledge Distance Geometry）算法是RDKit中用于生成分子构象的重要方法。本次更新将默认的Eigen3版本升级到3.4.0，并改进了双键和累积双键结构的处理，使构象生成更加准确。

3. 子结构搜索灵活性提升：现在允许单双键在子结构搜索中匹配芳香键，这一改进使得搜索条件更加灵活，特别是在处理芳香系统时更为实用。

4. 立体化学处理增强：新增了从原子中移除增强立体化学信息的方法，并改进了立体化学组的输出表示，使得立体化学信息的处理更加精细。

5. 分子属性缓存控制：新增了清除ROMol和Atom对象属性缓存的接口，为内存管理提供了更多控制选项。

性能优化与工具改进

1. 环查找优化：对环查找代码进行了优化，减少了不必要的调用，提高了分子处理的整体效率。

2. 键序确定功能增强：为determineBondOrders方法添加了超时控制和Ctrl+C中断支持，防止在处理复杂分子时陷入长时间计算。

3. Synthon空间搜索改进：增加了命中过滤功能，并修复了手性原子计数问题，使这一专业功能更加可靠。

4. 构建系统现代化：改进了CMake配置，使用更标准的包名称代替绝对路径，使构建过程更加规范。

问题修复与稳定性提升

1. JSON序列化修复：解决了MolToJSON无法处理阻转异构体的问题，确保了分子序列化的完整性。

2. PostgreSQL插件修正：修复了Postgres Cartridge中分子相等性比较错误使用坐标信息的问题。

3. 内存问题修复：解决了多处内存读取和泄漏问题，包括在测试代码中发现的问题，提高了整体稳定性。

4. GCC 15兼容性：修复了导致在GCC 15下构建失败的问题，确保了对最新编译器的支持。

5. TautomerQuery功能修正：修复了在某些情况下原子查询信息丢失的问题。

文档与示例改进

1. SynthonSpaceSearch文档：新增了这一专业功能的详细文档，帮助用户更好地理解和使用。

2. molzip说明澄清：改进了当使用单个分子对象调用时的文档说明，避免了可能的误解。

3. 绘图功能说明：增加了对DrawArrow和rawCoords参数的详细解释，帮助用户更好地控制分子可视化。

总结

RDKit 2025.03.3版本虽然在版本号上是一个维护更新，但包含了多项实质性改进。从核心分子处理功能的增强，到性能优化和专业工具（如Synthon空间搜索）的完善，再到各种稳定性问题的修复，这个版本进一步巩固了RDKit作为化学信息学领域重要工具的地位。特别是对立体化学处理、构象生成和子结构搜索的改进，将直接提升用户在药物设计和分子建模中的工作效率。

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