MZmine 4.5.37版本发布：代谢组学分析工具的重大更新

MZmine 4.5.37版本发布：代谢组学分析工具的重大更新

mzmine3 MZmine 3 source code repository 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mz/mzmine3

MZmine是一个开源的质谱数据处理平台，专门用于代谢组学和脂质组学数据分析。该项目提供了从原始质谱数据到最终生物标志物发现的完整解决方案，支持LC-MS、GC-MS等多种质谱技术的数据处理。

核心功能更新

特征形状整合仪表盘

新版本引入了特征形状整合仪表盘（Integration dashboard），这是一个专门用于特征形状整合分析的可视化工具。该功能允许研究人员更直观地查看和比较不同样本中代谢物的峰形特征，对于识别潜在生物标志物具有重要意义。

统计分析与区域提取增强

在统计功能方面，4.5.37版本对PCA载荷图和火山图进行了重要改进：

• 新增了区域提取功能，用户可以直接从PCA载荷图中选择特定区域进行分析
• 火山图同样支持区域提取，便于识别显著差异表达的代谢物
• 这些改进使得统计学分析更加直观和高效

脂质分析优化

针对脂质组学研究，本次更新包含多项改进：

• 自定义脂质类别功能得到增强，提高了分析的灵活性
• 脂质注释功能被移至通用注释标签页，使工作流程更加统一
• 这些改进特别有利于复杂脂质混合物的分析

技术架构改进

稳定性与重现性提升

4.5.37版本着重解决了数据处理的一致性问题：

• 实现了稳定的行组ID和网络社区ID，确保重新处理数据时获得相同结果
• 这一改进对于需要重复分析的研究项目尤为重要

用户界面优化

在用户体验方面，本次更新包含多项改进：

• 修复了特征表中碎片扫描列的排序问题
• 增加了全局键盘事件的延迟处理，提高了界面响应性
• 伪谱图功能扩展到MS1数据，增强了数据可视化能力

开发者相关更新

开发环境升级

项目已迁移至JDK 23环境，开发者需要相应更新开发工具链。同时移除了字符串模板功能，以保持代码兼容性。

错误修复与稳定性

本次发布修复了多个关键问题：

• 修正了ANOVA分析中的错误
• 解决了RT校正中可能的索引越界问题
• 修复了成像模式中的空指针异常

数据导出与分析功能

新版本增强了数据导出能力：

• 支持导出所有离子身份网络边信息
• 改进了MetaboAnalyst导出功能，增加了相关文档链接
• 新增了模块化CSV文件比较工具，便于数据验证

总结

MZmine 4.5.37版本在代谢组学数据分析的多个关键环节进行了重要改进，特别是在特征整合可视化、统计分析和脂质研究方面。这些更新不仅提高了分析效率，也增强了结果的可靠性和重现性，为代谢组学研究提供了更加强大的工具支持。

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