Pubmed-Batch-Download 项目安装和配置指南

最新推荐文章于 2025-06-05 07:00:00 发布

皮跃兰Soldier

最新推荐文章于 2025-06-05 07:00:00 发布

阅读量706

点赞数 11

CC 4.0 BY-SA版权

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/gitblog_01280/article/details/143047324

项目名称: Pubmed-Batch-Download
项目简介: 该项目是一个用于批量下载基于PMID（Pubmed ID）的文献的工具。用户可以通过输入PMID列表或文件来批量下载相关文献的PDF文件。
主要编程语言: Python

关键技术:

框架:

克隆项目仓库: 打开终端或命令提示符，运行以下命令克隆项目仓库：
```
git clone https://github.com/billgreenwald/Pubmed-Batch-Download.git
```
进入项目目录: 进入克隆下来的项目目录：
```
cd Pubmed-Batch-Download
```
创建Anaconda环境: 使用项目提供的pubmed-batch-downloader-py3.yml文件创建Anaconda环境：
```
conda env create -f pubmed-batch-downloader-py3.yml
```
激活Anaconda环境: 激活刚刚创建的Anaconda环境：
```
conda activate pubmed-batch-downloader-py3
```
安装额外依赖包（仅适用于Windows用户）: 如果使用的是Windows系统，需要额外安装一些依赖包：
```
conda install requests beautifulsoup4 lxml
conda install requests3
```
运行项目: 项目的主要脚本是fetch_pdfs.py。你可以通过以下命令运行项目：
```
python fetch_pdfs.py -pmids 123,124,125,23923,111
```
这将下载PMID为123, 124, 125, 23923, 111的文献PDF文件到默认的fetched_pdfs文件夹中。

输出文件夹: 你可以通过-out参数指定下载文件的输出目录。例如：
```
python fetch_pdfs.py -pmids 123,124,125 -out /path/to/output
```
错误日志: 如果某些文献无法下载，PMID会被记录在unfetched_pmids.tsv文件中。你可以通过-errors参数指定错误日志文件的路径。