深度超图库(DHG):深度学习在图神经网络与超图神经网络中的应用指南

深度超图库(DHG):深度学习在图神经网络与超图神经网络中的应用指南

DeepHypergraph A pytorch library for graph and hypergraph computation. DeepHypergraph 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/de/DeepHypergraph

安装指南

目前,DHG的稳定版本是0.9.4,您可以使用以下命令通过pip轻松安装:

pip install dhg

若想体验包含最新特性的夜间构建版(0.9.5),可采用以下命令:

pip install git+https://github.com/iMoonLab/DeepHypergraph.git

请注意,夜间版本可能包含未经全面测试的最前沿方法和数据集,发现任何问题时,请在GitHub Issues上报告。

项目使用说明

DHG是一个基于PyTorch构建的深度学习库,专为图神经网络(GNN)和超图神经网络(HGNN)设计,支持从简单图结构到复杂的高阶信息传递。

快速入门

可视化展示

DHG提供强大的图形和超图可视化工具。以下是如何绘制不同类型的图结构的示例代码:

import matplotlib.pyplot as plt
import dhg

# 绘制一个随机图
g = dhg.random.graph_Gnm(10, 12)
g.draw()
plt.show()

# 绘制一个随机超图
hg = dhg.random.hypergraph_Gnm(10, 8)
hg.draw()
plt.show()
在低阶结构上的学习

以图结构为例,使用GCN的拉普拉斯矩阵平滑顶点特征:

import torch
import dhg
g = dhg.random.graph_Gnm(5, 8)
X = torch.rand(5, 2)
X_smoothed = g.smoothing_with_GCN(X)

API使用文档

DHG提供了丰富的API来支持谱基础和空间基础的操作。例如,在图结构上传递消息:

X_transferred = g.v2v(X, aggr="mean")  # 使用均值聚合进行消息传递

对于超图,可以这样处理顶点到超边的消息传递:

Y_intermediate = hg.v2e(X, aggr="mean")  # 顶点到超边
X_updated = hg.e2v(Y_intermediate, aggr="mean")  # 超边再到顶点

实现模型的例子

创建一个简单的GCN卷积层:

import torch.nn.functional as F
class GCNConv(torch.nn.Module):
    def __init__(self, input_dim, output_dim):
        super().__init__()
        self.linear = torch.nn.Linear(input_dim, output_dim)

    def forward(self, X, g: dhg.Graph):
        X = self.linear(X)
        X = g.smoothing_with_GCN(X)
        return F.relu(X)

这个简化的例子展示了如何利用DHG的功能结合PyTorch定义一个图卷积层。

DHG不仅简化了复杂结构的学习过程,还通过其丰富的API和模块化设计,使得研究人员能够高效地实验新的图和超图算法,同时也支持自动调参以优化模型性能。

确保查阅完整的官方文档来获取更详尽的信息和更多的实例,以及了解如何利用其独特的功能,如自动机器学习模块(基于Optuna)来提升您的模型训练和评估流程。

DeepHypergraph A pytorch library for graph and hypergraph computation. DeepHypergraph 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/de/DeepHypergraph

创作声明:本文部分内容由AI辅助生成(AIGC),仅供参考

DHNN代表动态超图神经网络,它结合了KNN和KMeans算法,以实现动态构建超图和进行超图卷积操作。以下是超图神经网络的代码实现步骤: 1. 导入必要的Python和模块,例如numpy、scikit-learn、pytorch等。 2. 定义超图的节点和边,以及节点和边的特征。 3. 使用KNN和KMeans算法动态构建超图。 4. 定义超图卷积层,以实现信息传播和特征提取。 5. 定义损失函数和优化器,以进行模型训练。 6. 训练模型并进行预测。 以下是一个简单的DHNN代码实现示例: ``` import numpy as np from sklearn.neighbors import NearestNeighbors from sklearn.cluster import KMeans import torch import torch.nn as nn import torch.optim as optim # 定义超图节点和边 nodes = np.array([[0, 1, 2], [3, 4, 5], [6, 7, 8]]) edges = np.array([[0, 1], [1, 2], [0, 2], [3, 4], [4, 5], [3, 5], [0, 3], [1, 4], [2, 5]]) # 定义节点和边的特征 node_features = np.array([[1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9], [10, 11, 12], [13, 14, 15], [16, 17, 18], [19, 20, 21], [22, 23, 24], [25, 26, 27]]) edge_features = np.array([[1, 2], [3, 4], [5, 6], [7, 8], [9, 10], [11, 12], [13, 14], [15, 16], [17, 18]]) # 使用KNN算法动态构建超图 knn = NearestNeighbors(n_neighbors=2) knn.fit(nodes) adj = knn.kneighbors_graph(nodes).toarray() # 使用KMeans算法动态构建超图 kmeans = KMeans(n_clusters=3) kmeans.fit(node_features) clusters = kmeans.labels_ adj = np.zeros((3, 3)) for i in range(len(edges)): u, v = edges[i] if clusters[u] == clusters[v]: adj[clusters[u], clusters[v]] = 1 # 定义超图卷积层 class GraphConv(nn.Module): def __init__(self, in_features, out_features): super(GraphConv, self).__init__() self.linear = nn.Linear(in_features, out_features) def forward(self, x, adj): x = torch.matmul(adj, x) x = self.linear(x) return x # 定义模型 model = nn.Sequential( GraphConv(3, 16), nn.ReLU(), GraphConv(16, 1) ) # 定义损失函数和优化器 criterion = nn.MSELoss() optimizer = optim.Adam(model.parameters(), lr=0.01) # 训练模型 for epoch in range(100): optimizer.zero_grad() output = model(torch.Tensor(node_features), torch.Tensor(adj)) loss = criterion(output, torch.Tensor(edge_features)) loss.backward() optimizer.step() # 进行预测 with torch.no_grad(): output = model(torch.Tensor(node_features), torch.Tensor(adj)) print(output) ```
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