Pubmed-Batch-Download 项目下载及安装教程

Pubmed-Batch-Download 项目下载及安装教程

Pubmed-Batch-Download Batch download articles based on PMID (Pubmed ID) Pubmed-Batch-Download 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pu/Pubmed-Batch-Download

1. 项目介绍

Pubmed-Batch-Download 是一个用于批量下载 PubMed 文章的项目。该项目基于 PMID(Pubmed ID)进行文章的批量下载,支持 Python 3.7 及以上版本。该项目使用了一些非默认的 Python 包,如 requestsrequests3beautifulsoup4lxml

2. 项目下载位置

要下载 Pubmed-Batch-Download 项目,请访问项目的 GitHub 仓库。你可以通过以下步骤进行下载:

  1. 打开终端或命令行工具。
  2. 使用 git clone 命令克隆项目仓库:
git clone https://github.com/billgreenwald/Pubmed-Batch-Download.git
  1. 进入项目目录:
cd Pubmed-Batch-Download

3. 项目安装环境配置

3.1 安装 Python 环境

确保你已经安装了 Python 3.7 或更高版本。你可以通过以下命令检查 Python 版本:

python --version

如果未安装 Python,请访问 Python 官方网站 下载并安装。

3.2 安装依赖包

项目依赖于以下 Python 包:

  • requests
  • requests3
  • beautifulsoup4
  • lxml

你可以使用 pip 安装这些依赖包:

pip install requests requests3 beautifulsoup4 lxml

3.3 使用 Anaconda 配置环境

如果你使用 Anaconda,可以通过以下步骤配置环境:

  1. 创建一个新的 Anaconda 环境:
conda env create -f pubmed-batch-downloader-py3.yml
  1. 激活环境:
conda activate pubmed-batch-downloader-py3
  1. 如果你使用的是 Windows 系统,还需要额外安装一些包:
conda install requests beautifulsoup4 lxml

3.4 环境配置示例

以下是环境配置的示例图片:

环境配置示例

4. 项目安装方式

项目无需额外安装,只需确保所有依赖包已正确安装。你可以通过以下命令检查依赖包是否安装成功:

pip list

确保 requestsrequests3beautifulsoup4lxml 出现在列表中。

5. 项目处理脚本

项目的主要处理脚本是 fetch_pdfs.py。你可以通过以下命令运行脚本:

python fetch_pdfs.py -pmids 123,124,125,23923,111

5.1 脚本参数说明

  • -pmids: 以逗号分隔的 PMID 列表。
  • -pmf: 包含 PMID 和文件名的文件路径。
  • -out: 输出文件夹路径,默认为 ./fetched_pdfs
  • -errors: 错误日志文件路径,默认为 ./unfetched_pmids.tsv
  • -maxRetries: 最大重试次数,默认为 3。

5.2 示例脚本使用

以下是一个示例脚本使用:

python fetch_pdfs.py -pmids 123,124,125,23923,111 -out ./my_pdfs -errors ./errors.log -maxRetries 5

该命令将下载 PMID 为 123, 124, 125, 23923, 111 的文章,并将下载的 PDF 文件存储在 ./my_pdfs 文件夹中,错误日志存储在 ./errors.log 文件中,最大重试次数为 5 次。

通过以上步骤,你可以成功下载并安装 Pubmed-Batch-Download 项目,并开始批量下载 PubMed 文章。

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创作声明:本文部分内容由AI辅助生成(AIGC),仅供参考

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