开源项目FoldSeek安装与配置完全手册

开源项目FoldSeek安装与配置完全手册

foldseek Foldseek enables fast and sensitive comparisons of large structure sets. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/fo/foldseek

项目基础介绍及主要编程语言

FoldSeek是一款由优快云公司开发的InsCode AI大模型所描述的高性能蛋白质结构比对工具。该工具能够快速且敏感地处理大规模蛋白质结构集的比较。它特别适用于生物信息学领域，为研究人员提供了强大的功能来分析和对比蛋白质结构数据。FoldSeek基于GPL-3.0许可协议开源，并且主要采用C++作为核心编程语言，确保了其高效运行的能力。

关键技术与框架

FoldSeek的核心技术包括但不限于自定义的结构比对算法，这可能利用了高效的序列搜索与比对方法，如Gotoh-Smith-Waterman本地比对、TMalign全局比对以及TMscore用于评估结构相似性。此外，项目高度依赖于MMseqs2库来执行一系列复杂的序列分析任务，展示了在生物信息学中集成高级算法的应用实例。

准备工作与详细安装步骤

准备工作：

1. 系统需求：确保您的操作系统为Linux（支持AVX2、SSE2、ARM64）或MacOS。
2. 硬件要求：建议至少具有足够的RAM以支持不同模式下的内存需求（见下文具体说明）。
3. 编译器与环境：对于Linux，确保GCC或Clang版本兼容；MacOS上则需有Xcode Command Line Tools。

安装步骤：

通过预编译二进制文件安装：

1. 确定CPU架构：

   • 使用cat /proc/cpuinfo | grep 'avx2\|sse2\|arm64'来识别。

2. 下载对应二进制：

   • AVX2架构：wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux-avx2.tar.gz
   • SSE2架构：wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux-sse2.tar.gz
   • ARM64架构：wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux-arm64.tar.gz
   • 或者选择适合MacOS的版本。

3. 解压并设置路径：

   tar xvf foldseek-(相应架构).tar.gz
   export PATH=$(pwd)/foldseek/bin:$PATH
   

使用Conda安装（适用于Linux和macOS）：

conda install -c conda-forge -c bioconda foldseek

内存要求注意事项：

• 对于默认的Cα信息搜索，所需RAM计算公式：(6字节Cα + 1.3字节3Di + 1字节氨基酸) * (数据库残基数)，例如，处理54M个AFDB50条目需要约151GB RAM。
• 若要减少内存使用，可禁用某些选项，但会改变命中排名，不影响E值。

完成上述步骤后，您已成功安装FoldSeek，可以通过命令行接口进行结构比对任务。记得查看官方文档或使用帮助来了解更多高级配置和应用细节，以充分利用此工具的强大功能。

foldseek Foldseek enables fast and sensitive comparisons of large structure sets. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/fo/foldseek