Graphein开源项目使用教程

Graphein开源项目使用教程

【免费下载链接】graphein Protein Graph Library 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gr/graphein

1. 项目介绍

Graphein是一个Python库，用于生物分子结构和相互作用网络的几何深度学习和网络分析。它提供了创建蛋白质和RNA结构以及生物相互作用网络的几何表示的功能，并且与标准的PyData格式兼容，同时为流行的深度学习库设计了图对象，以方便使用。

2. 项目快速启动

环境搭建

首先，确保您的环境中安装有Python。然后，使用以下命令安装Graphein：

pip install graphein

对于包含额外特性的完整安装，可以使用：

pip install graphein[all]

请注意，这不会安装机器学习/深度学习库，它们对于转换为数据格式和生成蛋白质结构网格是必需的。

创建蛋白质图

以下是创建蛋白质图的基本步骤：

from graphein.protein.config import ProteinGraphConfig
from graphein.protein.graphs import construct_graph

# 初始化配置
config = ProteinGraphConfig()

# 创建蛋白质图
g = construct_graph(config=config, pdb_code="3eiy")

创建RNA图

创建RNA图的步骤如下：

from graphein.rna.graphs import construct_rna_graph

# 使用Dotbracket表示和可选的序列构建图
rna = construct_rna_graph(
    dotbracket='..(((((..(((...)))..)))))...',
    sequence='UUGGAGUACACAACCUGUACACUCUUUC'
)

3. 应用案例和最佳实践

创建分子图

Graphein可以基于SMILES字符串以及.sdf、.mol2和.pdb文件创建分子图：

from graphein.molecule.config import MoleculeGraphConfig
from graphein.molecule.graphs import construct_graph

# 创建分子图
g = create_graph(smiles="CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", config=config)

创建蛋白质-蛋白质相互作用图

以下是如何创建蛋白质-蛋白质相互作用图的示例：

from graphein.ppi.config import PPIGraphConfig
from graphein.ppi.graphs import compute_ppi_graph
from graphein.ppi.edges import add_string_edges, add_biogrid_edges

# 初始化配置
config = PPIGraphConfig()

# 创建PPI图
protein_list = ["CDC42", "CDK1", "KIF23", "PLK1", "RAC2", "RACGAP1", "RHOA", "RHOB"]
g = compute_ppi_graph(
    config=config,
    protein_list=protein_list,
    edge_construction_funcs=[add_string_edges, add_biogrid_edges]
)

4. 典型生态项目

Graphein作为一个用于生物信息学的工具，可以与其他开源项目结合使用，例如：

• AlphaFold2：用于蛋白质结构预测。
• PyTorch Geometric：一个基于PyTorch的图形深度学习库。

结合这些项目，可以构建更加完善和强大的生物信息学分析工作流程。

【免费下载链接】graphein Protein Graph Library 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gr/graphein