nf-core/nanoseq 项目推荐

nf-core/nanoseq 项目推荐

nanoseq Nanopore demultiplexing, QC and alignment pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/na/nanoseq

nf-core/nanoseq 是一个针对纳米孔 DNA/RNA 测序数据的生物信息学分析管道。该管道使用 Nextflow 工作流工具构建，能够在多种计算基础设施上以高度可移植的方式运行任务。项目主要使用 Nextflow DSL2 实现，编程语言以 Java 为主。

项目基础介绍

nf-core/nanoseq 是一个开源的生物信息学管道，旨在为纳米孔测序数据提供从基础调用、分离、质量控制、比对到下游分析的完整流程。该管道利用 Docker 或 Singularity 容器，使得安装过程极为简单，结果高度可重复。通过 Nextflow 的模块化设计，每个过程都封装在单独的容器中，大大简化了软件依赖的维护和更新。

核心功能

• 基础调用和分离：支持纳米孔测序数据的基础调用和分离操作。
• 数据清洗和质量控制：提供数据清洗和质量控制步骤，包括 NanoLyse 和 FastQC。
• 序列比对：支持 GraphMap2 和 minimap2 两种比对工具，自动根据输入数据和用户参数选择合适的比对策略。
• 下游分析：包括短变异调用、结构变异调用、转录本重构和定量、差异表达分析、RNA 修饰检测以及 RNA 融合检测等。
• 质量控制可视化：使用 MultiQC 对原始读段和比对结果进行质量控制的可视化展示。

最近更新的功能

根据项目的最新更新，以下是一些新增或改进的功能：

• 模块化和容器化：进一步模块化流程，提高容器的使用效率，确保每个过程都能独立运行。
• 自动化测试：引入自动化连续集成测试，确保管道在 AWS 云基础设施上运行稳定，并设置了适合实际数据集的资源分配默认值。
• 结果持久化：允许将结果持久化存储，以方便不同管道版本之间的比较和其他分析源的对比。
• 配置文件优化：增加了更多配置文件选项，允许用户根据自己的计算环境选择合适的配置。

通过这些更新，nf-core/nanoseq 进一步提升了其作为一个全面的纳米孔测序数据分析工具的稳定性和易用性。

nanoseq Nanopore demultiplexing, QC and alignment pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/na/nanoseq