Drug Repurposing Knowledge Graph (DRKG) 使用教程

Drug Repurposing Knowledge Graph (DRKG) 使用教程

DRKG A knowledge graph and a set of tools for drug repurposing 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/dr/DRKG

1. 项目目录结构及介绍

DRKG 项目目录结构如下：

.
├── drkg.tsv
├── entity2src.tsv
├── relation_glossary.tsv
├── embed
│   ├── DRKG_TransE_l2_entity.npy
│   ├── relations.tsv
│   ├── entities.tsv
│   ├── DRKG_TransE_l2_relation.npy
│   ├── mol_contextpred.npy
│   ├── mol_masking.npy
│   ├── mol_infomax.npy
│   └── mol_edgepred.npy
└── README.md

文件说明：

• drkg.tsv：包含原始 DRKG 数据的 TSV 文件，格式为 (头实体, 关系, 尾实体) 三元组。
• entity2src.tsv：映射实体到其原始数据源的文件。
• relation_glossary.tsv：包含关系 glossary 的文件，提供关系的详细信息。
• embed：预训练知识图谱嵌入的文件夹，包含以下文件：
  • DRKG_TransE_l2_entity.npy：存储实体嵌入的 NumPy 二进制文件。
  • DRKG_TransE_l2_relation.npy：存储关系嵌入的 NumPy 二进制文件。
  • entities.tsv：实体名称到实体 ID 的映射。
  • relations.tsv：关系名称到关系 ID 的映射。
  • 其他 .npy 文件：存储不同预训练分子嵌入的文件。
• README.md：项目的说明文件。

2. 项目的启动文件介绍

本项目没有特定的启动文件。若要使用 DRKG 数据，可以直接下载 drkg.tsv 文件，或者使用项目提供的 Jupyter 笔记本，它们会自动下载所需的数据文件。

3. 项目的配置文件介绍

本项目没有特定的配置文件。使用预训练的嵌入或分析 DRKG 时，需要根据具体的分析工具或模型来设置参数。例如，如果使用 DGL 和 DGL-KE 框架进行分析，需要安装相应的 Python 包，并按照以下命令进行安装：

sudo pip3 install torch==1.5.0+cu101 torchvision==0.6.0+cu101 -f https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html
sudo pip3 install dgl-cu101
sudo pip3 install dglke

在安装完所需的包后，可以使用项目提供的 Jupyter 笔记本进行进一步的分析和操作。

DRKG A knowledge graph and a set of tools for drug repurposing 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/dr/DRKG