Common Workflow Language (CWL) 开源项目快速入门指南
项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/common-workflow-language CWL（Common Workflow Language）是一个用于描述数据分析工作流程的标准，旨在促进不同软件和硬件环境下的可移植性和扩展性，特别适合数据密集型科学研究。以下是对CWL这个开源项目的基本结构、启动与配置相关部分的简要说明。
1. 项目目录结构及介绍
CWL项目在GitHub上的仓库遵循一定的组织结构，虽然具体的文件和目录可能会随着版本更新而变化，但核心组件通常保持一致。以下是关键目录和文件的概述：
- main分支：存储主要的工作代码和文档。
- LICENSE.txt: 包含Apache-2.0许可协议，规定了如何合法地使用、修改和分发该项目。
- README.md: 项目的主要读我文件，提供关于项目的简介、如何贡献和获取支持的信息。
- CONFORMANCE_TESTS.md: 列出了用于验证CWL实现是否符合标准的测试案例。
- CITATION.cff: 提供引用此项目时应使用的学术引用格式。
- CODE_OF_CONDUCT.md: 定义了参与项目的社区行为规范。
- travis.yml, gitignore: 这些是CI/CD和Git忽略规则文件，对开发过程管理至关重要。
- doc, design-decisions: 分别包含了技术文档和设计决策记录，帮助理解CWL的设计原则和使用细节。
- CWL标准的不同版本（如v1.0, v1.1等），每个版本可能有自己的子目录或标签，存放该版本的具体规范和示例。
2. 项目的启动文件介绍
CWL本身不直接提供一个“启动文件”来运行整个项目，因为它的核心功能在于定义工作流和工具的执行逻辑。用户通过编写.cwl文件来定义工作流，并利用CWL兼容的执行引擎来运行这些定义。例如，使用cwltool，命令行工具的启动可以简单表示为：
cwltool workflow.cwl job.json
这里workflow.cwl是工作流定义文件，job.json提供了执行工作流所需的输入参数。
3. 项目的配置文件介绍
CWL的配置主要是通过.yml或.json文件进行，这包括但不限于：
- 工具和工作流定义文件(.cwl)：这是CWL的核心配置，定义了命令行工具或整个工作流的接口、要求、以及执行逻辑。
- Job Order 文件(job.json)：在实际执行工作流时，需要一个作业订单文件来指定每个步骤的具体输入值。
- cwltool配置：如果你使用的是cwltool作为执行引擎，可以通过
--default-user-env等命令行选项或创建.cwltoolrc配置文件来定制运行环境。
总结来说，CWL项目的核心不在于单个的启动或配置文件，而是依赖于一系列遵循CWL标准的描述文件来定义和控制工作流程的执行。开发者需要根据具体工作流需求，编制相应的CWL文件并配合cwltool或其他执行环境进行部署和调用。
创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考
