【亲测免费】 scFoundation 项目使用教程

scFoundation 项目使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

scFoundation/
├── README.md
├── setup.py
├── requirements.txt
├── scFoundation/
│   ├── __init__.py
│   ├── main.py
│   ├── config.py
│   ├── models/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── model.py
│   │   └── utils.py
│   └── data/
│       ├── __init__.py
│       ├── preprocess.py
│       └── datasets.py
└── tests/
    ├── __init__.py
    ├── test_main.py
    └── test_models.py

• README.md: 项目说明文件，包含项目的基本介绍和使用指南。
• setup.py: 项目安装脚本。
• requirements.txt: 项目依赖文件。
• scFoundation/: 项目主目录。
  • __init__.py: 初始化文件。
  • main.py: 项目启动文件。
  • config.py: 项目配置文件。
  • models/: 模型相关文件。
    • model.py: 模型定义文件。
    • utils.py: 模型工具文件。
  • data/: 数据处理相关文件。
    • preprocess.py: 数据预处理文件。
    • datasets.py: 数据集定义文件。
• tests/: 测试相关文件。
  • test_main.py: 主程序测试文件。
  • test_models.py: 模型测试文件。

2. 项目的启动文件介绍

main.py 是项目的启动文件，负责初始化配置、加载数据、训练模型和执行预测等任务。以下是 main.py 的主要功能模块：

import config
from models import model
from data import preprocess, datasets

def main():
    # 加载配置
    cfg = config.load_config()
    
    # 数据预处理
    preprocess.process_data(cfg)
    
    # 加载数据集
    dataset = datasets.load_dataset(cfg)
    
    # 初始化模型
    model_instance = model.Model(cfg)
    
    # 训练模型
    model_instance.train(dataset)
    
    # 执行预测
    model_instance.predict(dataset)

if __name__ == "__main__":
    main()

3. 项目的配置文件介绍

config.py 是项目的配置文件，负责加载和管理项目的各种配置参数。以下是 config.py 的主要功能模块：

import yaml

def load_config(config_path='config.yaml'):
    with open(config_path, 'r') as file:
        config = yaml.safe_load(file)
    return config

def save_config(config, config_path='config.yaml'):
    with open(config_path, 'w') as file:
        yaml.dump(config, file)

配置文件 config.yaml 示例：

model:
  name: scFoundation
  parameters: 100000000
  genes: 20000
  cells: 50000000
data:
  path: data/
  format: csv
training:
  epochs: 10
  batch_size: 32

以上是 scFoundation 项目的基本使用教程，包括项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望对您有所帮助。