fpocket 安装与使用教程

fpocket 安装与使用教程

fpocketfpocket is a very fast open source protein pocket detection algorithm based on Voronoi tessellation. The platform is suited for the scientific community willing to develop new scoring functions and extract pocket descriptors on a large scale level. fpocket is distributed as free open source software. If you are interested in integrating fpocket in an industrial setting and require official support, please contact Discngine (www.discngine.com). 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/fp/fpocket

1. 项目目录结构及介绍

以下是 fpocket 项目的基本目录结构：

.
├── bin      # 包含可执行文件，如 fpocket, dpocket 和 tpocket
├── data     # 存放数据文件
├── doc      # 文档资料
├── headers  # 头文件
├── man      # 手册页
├── obj      # 编译中间对象文件
├── plugins  # 插件目录
├── scripts  # 脚本工具
├── src      # 源代码
└── tests    # 测试用例

说明：

• bin 目录包含主要的程序，如用于检测口袋的 fpocket。
• data 用于存放示例数据或其他辅助数据。
• doc 提供项目相关的文档和手册。
• headers 包含 C 语言的头文件，用于编译源码。
• man 包含程序的手动页面。
• obj 是编译过程中生成的对象文件。
• plugins 可以扩展或自定义功能的插件。
• scripts 存放脚本文件，用于自动化任务。
• src 主要的源代码存放位置。
• tests 包含项目测试案例。

2. 项目的启动文件介绍

fpocket

这是主程序，基于 Voronoi 网格技术进行蛋白质口袋探测。在命令行中，你可以通过以下方式运行：

./fpocket -f your_pdb_file.pdb

这里 -f 参数指定输入的蛋白质 PDB 文件。

dpocket

dpocket 用于从探测结果中提取描述符。它接受 fpocket 输出的结果文件作为输入：

./dpocket -s output_folder

其中 -s 参数是 fpocket 输出的分析文件夹路径。

tpocket

tpocket 用于在多结构集合上测试 pocket 检测算法。你需要提供一个包含多个 PDB 文件的目录：

./tpocket -d pdb_files_directory

在这里 -d 是含有 PDB 文件的目录。

3. 项目的配置文件介绍

fpocket 使用命令行参数进行配置，而非传统的配置文件。例如，你可以通过 -l 参数设置日志级别，或者使用 -n 设定口袋探测的最大迭代次数。更多详细的参数可以通过查看手动页 (man fpocket) 或阅读项目文档获取。

请注意，如果你希望定制更高级的功能，如插件集成，可能需要直接修改源代码或创建自定义脚本来实现。

---

本文档提供了 fpocket 的基本安装和使用指南，详细信息请参考项目仓库中的文档和示例。如果你在安装或使用过程中遇到任何问题，可以参考项目主页上的 FAQ 或社区支持链接。

fpocketfpocket is a very fast open source protein pocket detection algorithm based on Voronoi tessellation. The platform is suited for the scientific community willing to develop new scoring functions and extract pocket descriptors on a large scale level. fpocket is distributed as free open source software. If you are interested in integrating fpocket in an industrial setting and require official support, please contact Discngine (www.discngine.com). 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/fp/fpocket