FastQC 完整使用指南：高通量测序数据质量控制
项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/fa/FastQC FastQC 是一款专业的质量控制分析工具，专门用于处理高通量测序数据。它能够对FastQ或BAM格式的原始序列文件运行一系列分析，并生成汇总结果的报告。
项目概述
FastQC 旨在发现高通量测序数据集中的潜在问题。该程序会突出显示测序文库中任何看起来异常的区域，提醒用户需要更仔细地检查这些部分。该工具不依赖于任何特定的测序技术类型，可用于查看来自大量不同实验类型的文库（基因组测序、ChIP-Seq、RNA-Seq、BS-Seq等）。
安装指南
系统要求
FastQC 是一个跨平台的Java应用程序，理论上可以在任何具有合适Java运行时环境的平台上运行。已测试的平台包括Windows、MacOSX和Linux，使用Oracle v1.6到1.8 JRE。
安装步骤
获取项目源码：
git clone https://gitcode.com/gh_mirrors/fa/FastQC
环境检查： 在运行FastQC之前，请确保系统中已安装合适的Java运行时环境。可以通过以下命令检查Java是否已安装：
java -version
Linux系统安装Java：
- Ubuntu / Mint:
sudo apt install default-jre - CentOS / Redhat: `sudo yum install java-1.8.0-openjdk
运行方式
交互式图形界面运行
Windows系统： 双击运行 run_fastqc.bat 文件。如果需要创建漂亮的快捷方式，可以使用顶层目录中的图标文件。
Linux系统： 使用包含的包装脚本启动程序：
chmod 755 fastqc
./fastqc
或者创建符号链接以便从任何位置运行程序：
sudo ln -s /path/to/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc
非交互式管道运行
要将FastQC作为分析管道的一部分运行，可以在命令行中指定要处理的文件列表：
fastqc somefile.txt someotherfile.txt
可以在单次运行中指定任意多个要处理的文件。如果不指定任何要处理的文件，程序将尝试打开交互式应用程序。
核心功能模块
FastQC 提供了一系列分析模块，每个模块都针对测序数据的不同方面进行评估：
    
配置选项
输出目录设置
如果希望将报告保存在包含原始FastQ文件的文件夹以外的其他文件夹中，可以通过设置 --outdir 值来指定替代位置：
--outdir=/some/other/dir/
标准输入处理
如果希望通过数据流从标准输入运行fastqc，可以将'stdin'指定为要处理的文件名：
zcat *fastq.gz | fastqc stdin
要为流式分析结果指定不同于stdin的文件名，可以添加冒号并放入所需的文件名：
zcat *fastq.gz | fastqc stdin:my_results
自定义报告输出
在Templates目录中可以找到名为 header_template.html 的文件，通过编辑此文件可以更改报告的外观。此文件包含报告文件的所有标题，包括CSS部分，可以根据需要进行修改。
文本标签 @@FILENAME@@ 和 @@DATE@@ 是占位符，在创建报告时会填充这些占位符。
配置文件说明
Configuration目录包含以下重要配置文件：
- adapter_list.txt：适配器序列列表
- contaminant_list.txt：污染物序列列表
- limits.txt：质量控制阈值设置
这些配置文件允许用户自定义FastQC的分析参数，以适应特定的实验需求和数据特征。
通过本指南，您可以全面了解FastQC的安装和使用方法，有效进行高通量测序数据的质量控制分析。
创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考
