ProGen 项目使用教程

ProGen 项目使用教程

项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/pro/progen

1. 项目的目录结构及介绍

ProGen 项目的目录结构如下：

progen/
├── README.md
├── requirements.txt
├── setup.py
├── progen/
│   ├── __init__.py
│   ├── model.py
│   ├── trainer.py
│   ├── utils.py
│   └── config/
│       ├── default_config.yaml
│       └── custom_config.yaml
└── tests/
    ├── __init__.py
    ├── test_model.py
    └── test_trainer.py

目录结构介绍

• README.md: 项目说明文件，包含项目的基本信息和使用指南。
• requirements.txt: 项目依赖文件，列出了运行项目所需的 Python 包。
• setup.py: 项目的安装脚本，用于安装项目及其依赖。
• progen/: 项目的主要代码目录。
  • __init__.py: 初始化文件，使 progen 目录成为一个 Python 包。
  • model.py: 包含项目的模型定义。
  • trainer.py: 包含训练模型的代码。
  • utils.py: 包含一些辅助函数和工具。
  • config/: 配置文件目录。
    • default_config.yaml: 默认配置文件。
    • custom_config.yaml: 自定义配置文件。
• tests/: 测试代码目录。
  • __init__.py: 初始化文件，使 tests 目录成为一个 Python 包。
  • test_model.py: 模型测试代码。
  • test_trainer.py: 训练器测试代码。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 progen/trainer.py。该文件包含了训练模型的主要逻辑。

启动文件介绍

• trainer.py: 该文件定义了训练模型的类 Trainer，并提供了训练模型的入口函数 train。

from progen.model import ProGenModel
from progen.utils import load_config

class Trainer:
    def __init__(self, config_path):
        self.config = load_config(config_path)
        self.model = ProGenModel(self.config)

    def train(self):
        # 训练逻辑
        pass

if __name__ == "__main__":
    trainer = Trainer('config/default_config.yaml')
    trainer.train()

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件位于 progen/config/ 目录下，包含 default_config.yaml 和 custom_config.yaml。

配置文件介绍

• default_config.yaml: 默认配置文件，包含了项目的默认参数设置。

model:
  hidden_size: 256
  num_layers: 4
  dropout: 0.1

training:
  batch_size: 32
  learning_rate: 0.001
  epochs: 10

• custom_config.yaml: 自定义配置文件，用户可以根据需要修改参数。

model:
  hidden_size: 512
  num_layers: 6
  dropout: 0.2

training:
  batch_size: 64
  learning_rate: 0.0005
  epochs: 20

通过修改配置文件，用户可以自定义模型的参数和训练过程。

progen Implementation and replication of ProGen, Language Modeling for Protein Generation, in Jax 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pro/progen