开源项目 purge_dups 常见问题解决方案

开源项目 purge_dups 常见问题解决方案

一、项目基础介绍

purge_dups 是一个用于移除 de novo 装配中的 haplotigs 和重叠 contigs 的工具，基于读深度信息进行操作。该项目主要用于基因组装后的数据清理，目的是提高组装质量。主要使用的编程语言为 Python 和 Shell 脚本。

二、新手常见问题及解决步骤

问题一：如何安装和配置 purge_dups？

解决步骤：

1. 克隆项目到本地：

   git clone https://github.com/dfguan/purge_dups.git
   

2. 进入 src 目录并编译：

   cd purge_dups/src && make
   

3. （可选）如果需要运行 scripts/run_purge_dups.py 脚本，还需要安装 runner：

   git clone https://github.com/dfguan/runner.git
   cd runner && python3 setup.py install --user
   

4. 使用 pd_config.py 生成配置文件：

   pd_config.py -s <short_reads_file> -l <long_reads_file> -n <output_prefix>
   

   其中 <short_reads_file> 为短读序列文件，<long_reads_file> 为长读序列文件，<output_prefix> 为输出文件前缀。

问题二：如何运行 purge_dups？

解决步骤：

1. 准备好配置文件和所需的输入文件。

2. 运行 run_purge_dups.py 脚本：

   python3 scripts/run_purge_dups.py -c <config_file> -o <output_dir>
   

   其中 <config_file> 为生成的配置文件路径，<output_dir> 为输出目录。

问题三：如何生成 k-mer 比较图？

解决步骤：

1. 安装 KMC 工具：

   git clone https://github.com/dfguan/KMC.git
   cd KMC && make -j 16
   

2. 运行 run_kcm.sh 脚本：

   sh scripts/run_kcm.sh <reads_file> <output_prefix>
   

   其中 <reads_file> 为读序列文件，<output_prefix> 为输出文件前缀。

以上就是使用 purge_dups 项目时新手可能会遇到的一些常见问题及解决步骤。希望对您有所帮助。