LightDock 项目教程

LightDock 项目教程

1. 项目目录结构及介绍

LightDock 项目的目录结构如下：

lightdock/
├── bin/
├── lightdock/
│   ├── core/
│   ├── data/
│   ├── scoring/
│   ├── setup.py
│   └── ...
├── tests/
├── README.md
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── pyproject.toml
├── setup.py
└── setup.sh

目录介绍

• bin/: 包含 LightDock 的可执行文件。
• lightdock/: 核心代码目录，包含项目的各个模块。
  • core/: 核心算法实现。
  • data/: 项目所需的数据文件。
  • scoring/: 评分函数模块。
  • setup.py: Python 安装脚本。
• tests/: 包含项目的测试代码。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• MANIFEST.in: 项目打包配置文件。
• pyproject.toml: 项目配置文件。
• setup.py: Python 安装脚本。
• setup.sh: 项目安装脚本。

2. 项目启动文件介绍

LightDock 项目的启动文件主要是 bin/ 目录下的可执行文件。这些文件用于启动 LightDock 的不同功能模块。

主要启动文件

• bin/lightdock: 主启动脚本，用于执行 LightDock 的主要功能。

使用方法

$ lightdock [options]

3. 项目配置文件介绍

LightDock 项目的配置文件主要包括以下几个：

1. setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准安装脚本，用于配置项目的安装选项和依赖项。

2. pyproject.toml

pyproject.toml 是 Python 项目的配置文件，用于指定项目的构建系统和依赖项。

3. MANIFEST.in

MANIFEST.in 是项目打包配置文件，用于指定在打包时需要包含的额外文件。

4. setup.sh

setup.sh 是项目的安装脚本，用于自动化项目的安装过程。

配置文件示例

setup.py

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='lightdock',
    version='0.1',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        'numpy>=1.17.1',
        'scipy>=1.3.1',
        'cython>=0.29.13',
        'prody>=1.10.11',
        'freesasa>=2.0.3'
    ],
    entry_points={
        'console_scripts': [
            'lightdock=lightdock.main:main',
        ],
    },
)

pyproject.toml

[build-system]
requires = ["setuptools>=42", "wheel"]
build-backend = "setuptools.build_meta"

MANIFEST.in

include LICENSE
include README.md
include pyproject.toml
include setup.py
include setup.sh

setup.sh

#!/bin/bash

# 安装依赖
pip install -r requirements.txt

# 编译扩展
python setup.py build_ext --inplace

# 安装项目
python setup.py install

通过以上配置文件，可以方便地进行项目的安装和配置。