MISO开源LIMS系统是专为NGS测序中心设计的强大实验室信息管理解决方案，能够帮助研究人员高效跟踪样本、实验流程和数据处理过程。本文将为您提供从快速部署到高级应用的完整指南。
项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miso-lims 🚀 五分钟快速体验MISO强大功能
要快速体验MISO LIMS系统，您可以使用Docker Compose进行一键部署：
git clone https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miso-lims
cd miso-lims
export MISO_DB_USER=misouser
export MISO_DB=lims
export MISO_DB_PASSWORD=securepassword123
docker-compose -f docker-compose.plain.yml up -d
这个简化部署将在几分钟内启动完整的MISO环境，包含数据库、Web应用和所有必要的服务组件。
图：MISO LIMS系统中的样本层次结构管理界面
🔧 核心模块深度解析与配置方法
数据库配置优化
MISO使用MySQL作为后端数据库，配置文件位于 miso-web/src/main/webapp/WEB-INF/db-config.xml。建议生产环境中进行以下优化：
<!-- 连接池配置优化 -->
<property name="maxActive" value="50"/>
<property name="maxIdle" value="10"/>
<property name="minIdle" value="5"/>
<property name="testOnBorrow" value="true"/>
样本管理模块
MISO的样本管理是其核心功能，支持复杂的样本层次结构：
- 样本标识：支持多种命名方案和条码系统
- 样本类型：支持组织、细胞、DNA、RNA等多种类型
- 质量控制：集成QC指标和状态跟踪
图：MISO LIMS系统中的仪器状态监控面板
📊 实战场景：从样本到报告的完整工作流
样本接收与登记
- 样本信息录入：通过Web界面或批量导入功能登记样本基本信息
- 条码生成：系统自动生成唯一标识条码
- 位置分配：指定样本在冻存盒中的具体位置
实验流程管理
MISO支持完整的实验工作流管理：
| 步骤 | 功能 | 相关文件 |
|---|---|---|
| 样本制备 | 文库构建、质量检测 | Sample.java, Library.java |
| 测序准备 | 池化、上机准备 | Pool.java, SequencingOrder.java |
| 数据生成 | 运行监控、数据采集 | Run.java, Instrument.java |
| 数据分析 | QC评估、结果导出 | RunPartition.java, QC.java |
报告生成与数据导出
MISO提供灵活的报表功能，支持：
- 自定义报表模板
- 批量数据导出
- 实时数据可视化
图：MISO LIMS系统中的标准化工作流程
🌐 生态集成：打造智能实验室生态系统
与外部系统集成
MISO支持多种集成方式：
- REST API：提供完整的编程接口
- LDAP/Active Directory：支持企业级用户认证
- ELN系统：与电子实验记录本无缝集成
数据分析管道集成
通过配置 miso-web/src/main/webapp/WEB-INF/miso-config.xml，可以实现与常见分析管道的集成：
<pipeline name="RNASeq">
<parameter name="reference_genome" value="GRCh38"/>
</pipeline>
创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考
