FlashPCA：快速大规模基因组宽数据的主成分分析工具

FlashPCA：快速大规模基因组宽数据的主成分分析工具

flashpca Fast Principal Component Analysis of Large-Scale Genome-Wide Data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/fl/flashpca

项目基础介绍

FlashPCA 是一个开源项目，旨在进行大规模基因组宽数据的主成分分析（PCA）。该项目的编程语言主要为 C++，同时提供了 R 语言接口，使得用户可以在 R 环境中直接调用 FlashPCA 的功能。

核心功能

• 快速计算：FlashPCA 可以在有限的时间内对大量数据进行 PCA 分析。例如，500,000 个个体和 100,000 个 SNPs 的数据在小于 6 小时内即可完成部分 PCA（k=20 维度）计算，且仅需 2GB 内存。
• 可扩展性：内存需求有界，可扩展至至少 1M 个个体。
• 高准确度结果：提供与 EIGENSOFT 的 smartpca 和 shellfish 相似的高准确度结果。
• 原生支持 PLINK 文件：直接读取 PLINK 的 bed/bim/fam 文件格式。
• 易于使用：可在 R 语言环境中通过 flashpcaR 包直接调用。

最近更新的功能

• Sparse Canonical Correlation Analysis (SCCA)：FlashPCA 现在支持稀疏典范相关分析（SCCA），可以用于分析 SNPs 和多变量表型之间的相关性。
• 性能优化：在最新版本中，项目团队对算法进行了优化，提高了计算速度和内存使用效率。
• 错误修复和改进：修复了之前版本中的一些错误，并改进了代码的可读性和稳定性。

以上是对 FlashPCA 项目的简要推荐，该项目在基因组数据分析领域有着广泛的应用，是研究人员进行 PCA 分析的有力工具。

flashpca Fast Principal Component Analysis of Large-Scale Genome-Wide Data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/fl/flashpca