AMRFinderPlus 项目使用教程

AMRFinderPlus 项目使用教程

amr AMRFinderPlus - Identify AMR genes and point mutations, and virulence and stress resistance genes in assembled bacterial nucleotide and protein sequence. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/am/amr

1. 项目目录结构及介绍

AMRFinderPlus 项目的目录结构如下：

amr/
├── alignment/
│   ├── alignment.cpp
│   └── alignment.hpp
├── amr_report/
│   └── amr_report.cpp
├── amrfinder/
│   ├── amrfinder.cpp
│   ├── amrfinder_index.cpp
│   └── amrfinder_update.cpp
├── common/
│   ├── common.cpp
│   ├── common.hpp
│   └── common.inc
├── curl_easy/
│   ├── curl_easy.cpp
│   └── curl_easy.hpp
├── dna_mutation/
│   └── dna_mutation.cpp
├── fasta2parts/
│   └── fasta2parts.cpp
├── fasta_check/
│   └── fasta_check.cpp
├── fasta_extract/
│   └── fasta_extract.cpp
├── gff/
│   ├── gff.cpp
│   └── gff.hpp
├── gff_check/
│   └── gff_check.cpp
├── test_amrfinder/
│   └── test_amrfinder.sh
├── test_both/
│   └── expected/
├── test_database_update/
│   └── test_database_update.sh
├── test_dna/
│   ├── expected/
│   └── test_dna.fa
├── test_dna_mut_all/
│   └── expected/
├── test_prot/
│   ├── expected/
│   ├── test_prot.fa
│   └── test_prot.gff
├── tsv/
│   ├── tsv.cpp
│   └── tsv.hpp
├── version.txt
├── Makefile
├── README.md
└── LICENSE

目录结构介绍

• alignment/: 包含与序列比对相关的源代码文件。
• amr_report/: 包含生成抗菌药物耐药性报告的源代码文件。
• amrfinder/: 包含 AMRFinderPlus 核心功能的源代码文件，包括索引和更新功能。
• common/: 包含项目中常用的通用代码文件。
• curl_easy/: 包含使用 libcurl 库进行网络请求的源代码文件。
• dna_mutation/: 包含处理 DNA 突变的源代码文件。
• fasta2parts/: 包含将 FASTA 文件分割成多个部分的源代码文件。
• fasta_check/: 包含检查 FASTA 文件格式的源代码文件。
• fasta_extract/: 包含从 FASTA 文件中提取序列的源代码文件。
• gff/: 包含处理 GFF 文件的源代码文件。
• gff_check/: 包含检查 GFF 文件格式的源代码文件。
• test_amrfinder/: 包含测试 AMRFinderPlus 功能的脚本文件。
• test_both/: 包含测试结果的预期输出文件。
• test_database_update/: 包含测试数据库更新功能的脚本文件。
• test_dna/: 包含 DNA 测试相关的文件。
• test_dna_mut_all/: 包含所有 DNA 突变测试的预期输出文件。
• test_prot/: 包含蛋白质测试相关的文件。
• tsv/: 包含处理 TSV 文件的源代码文件。
• version.txt: 包含当前版本的版本号。
• Makefile: 项目的构建文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• LICENSE: 项目的许可证文件。

2. 项目启动文件介绍

AMRFinderPlus 的启动文件是 amrfinder/amrfinder.cpp。该文件包含了 AMRFinderPlus 的主要功能实现，包括识别抗菌药物耐药性基因和点突变的功能。

启动文件介绍

• amrfinder.cpp: 这是 AMRFinderPlus 的主程序文件，负责处理用户输入、调用其他模块的功能，并输出结果。

3. 项目的配置文件介绍

AMRFinderPlus 的配置文件主要是 Makefile 和 version.txt。

配置文件介绍

• Makefile: 该文件包含了项目的构建规则和依赖关系，用于编译和构建 AMRFinderPlus 的可执行文件。
• version.txt: 该文件记录了当前 AMRFinderPlus 的版本号，方便用户了解软件的版本信息。

通过以上介绍，您可以更好地理解 AMRFinderPlus 项目的结构和使用方法。

amr AMRFinderPlus - Identify AMR genes and point mutations, and virulence and stress resistance genes in assembled bacterial nucleotide and protein sequence. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/am/amr