教程：TeachOpenCADD 使用指南

教程：TeachOpenCADD 使用指南

teachopencadd TeachOpenCADD: a teaching platform for computer-aided drug design (CADD) using open source packages and data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/te/teachopencadd

1. 项目介绍

TeachOpenCADD 是一个面向学生的计算机辅助药物设计（CADD）教学平台。该平台由学生为其他学生开发，提供涵盖CADD核心主题的教学材料。它既包括理论部分，也包含实践内容，适合具有生物学/化学背景以及计算背景的学生和研究人员使用。TeachOpenCADD 使用开源软件包，如Python的rdkit、pypdb、biopandas、nglview和mdanalysis等，通过互动式Jupyter Notebook呈现教学内容。

2. 项目快速启动

在线启动

要在线使用TeachOpenCADD，可以通过以下步骤：

1. 访问Binder服务。
2. 等待环境准备就绪（大约需要10分钟）。
3. 在加载完毕后，导航至 teachopencadd/talktorials/ 目录下，即可找到可执行的Notebook。

# 快速启动示例

```python
# 导入所需的库
import rdkit
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

# 创建一个简单的分子
mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1')

# 绘制分子结构
Draw.MolToImage(mol)

本地启动

若要在本地运行TeachOpenCADD，可以按照以下步骤操作：

1. 安装conda环境。
2. 使用以下命令克隆项目仓库：

git clone https://github.com/volkamerlab/teachopencadd.git

3. 进入项目目录，根据项目提供的environment.yml文件创建conda环境。
4. 在conda环境中启动Jupyter Notebook，开始学习。

conda env create -f environment.yml
conda activate teachopencadd_env
jupyter notebook

3. 应用案例和最佳实践

TeachOpenCADD提供了多种应用案例，以帮助用户理解和应用CADD相关概念。以下是一些最佳实践：

• 使用rdkit进行化合物相似性搜索。
• 利用pypdb访问和分析蛋白质结构数据。
• 通过biopandas处理生物信息学数据。
• 使用nglview可视化分子结构。
• 应用mdanalysis对分子动力学轨迹进行分析。

4. 典型生态项目

TeachOpenCADD的生态系统包含了多个与之相互协作的项目，以下是一些典型的项目：

• Open Babel：一个开源的化学信息工具箱，可以用来转换文件格式、编辑分子结构等。
• PyMOL：一个用于分子可视化的Python库和程序。
• BioPython：一个用于生物信息学计算的Python库。

通过这些项目，用户可以扩展TeachOpenCADD的功能，进行更深入的CADD学习和研究。

teachopencadd TeachOpenCADD: a teaching platform for computer-aided drug design (CADD) using open source packages and data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/te/teachopencadd