cuteSV 开源项目使用教程

cuteSV 开源项目使用教程

cuteSVLong read based human genomic structural variation detection with cuteSV项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cu/cuteSV

1. 项目的目录结构及介绍

cuteSV 项目的目录结构如下：

cuteSV/
├── cuteSV
│   ├── __init__.py
│   ├── cuteSV.py
│   ├── scripts
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── generate_commands.py
│   │   ├── merge_vcf.py
│   │   └── ...
│   ├── utils
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── alignment.py
│   │   ├── clustering.py
│   │   └── ...
│   └── ...
├── docs
│   ├── README.md
│   ├── INSTALL.md
│   └── ...
├── tests
│   ├── test_cuteSV.py
│   └── ...
├── setup.py
├── LICENSE
└── README.md

目录结构介绍

• cuteSV/: 主项目目录，包含主要的 Python 文件和子目录。
  • cuteSV.py: 项目的启动文件。
  • scripts/: 包含一些辅助脚本，如命令生成和 VCF 文件合并等。
  • utils/: 包含一些工具函数和类，如对齐和聚类等。
• docs/: 包含项目的文档文件，如安装指南和使用说明。
• tests/: 包含项目的测试文件。
• setup.py: 用于安装项目的脚本。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 cuteSV/cuteSV.py。该文件包含了项目的主要逻辑和入口点。通过运行该文件，可以启动 cuteSV 进行结构变异检测。

启动文件主要功能

• 解析命令行参数。
• 加载配置文件。
• 调用相关工具函数进行结构变异检测。
• 输出结果到指定的 VCF 文件。

3. 项目的配置文件介绍

cuteSV 项目没有显式的配置文件，但可以通过命令行参数进行配置。以下是一些常用的命令行参数：

cuteSV <sorted_bam> <reference_fa> <output_vcf> <work_dir>

常用参数介绍

• <sorted_bam>: 输入的排序后的 BAM 文件。
• <reference_fa>: 参考基因组文件。
• <output_vcf>: 输出的 VCF 文件。
• <work_dir>: 工作目录，用于存储临时文件和结果文件。

其他参数

• --max_cluster_bias_INS: 插入变异的最大聚类偏差。
• --diff_ratio_merging_INS: 插入变异的合并差异比率。

通过这些参数，可以灵活地配置 cuteSV 的行为，以适应不同的数据和需求。

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以上是 cuteSV 开源项目的使用教程，希望对您有所帮助。

cuteSVLong read based human genomic structural variation detection with cuteSV项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cu/cuteSV