g_mmpbsa 项目教程

g_mmpbsa 项目教程

1. 项目目录结构及介绍

g_mmpbsa/
├── README.md
├── LICENSE
├── bin/
│   ├── g_mmpbsa
│   └── ...
├── docs/
│   ├── Tutorial.html
│   └── ...
├── examples/
│   ├── example1/
│   │   ├── input.tpr
│   │   └── ...
│   └── ...
├── src/
│   ├── main.cpp
│   └── ...
├── scripts/
│   ├── analyze.py
│   └── ...
└── config/
    ├── config.ini
    └── ...

目录结构说明

• README.md: 项目介绍和使用说明。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• bin/: 存放可执行文件，如 g_mmpbsa。
• docs/: 存放项目文档，如教程 Tutorial.html。
• examples/: 存放示例文件，每个示例包含输入文件和相关配置。
• src/: 存放源代码文件，如 main.cpp。
• scripts/: 存放辅助脚本，如 analyze.py。
• config/: 存放配置文件，如 config.ini。

2. 项目启动文件介绍

启动文件

• bin/g_mmpbsa: 这是项目的主要可执行文件，用于启动 g_mmpbsa 工具。

启动步骤

1. 进入项目根目录。
2. 运行以下命令启动 g_mmpbsa：

   ./bin/g_mmpbsa
   

3. 项目配置文件介绍

配置文件

• config/config.ini: 这是项目的主要配置文件，包含各种参数设置。

配置文件内容示例

[General]
output_dir = ./output
log_level = INFO

[Simulation]
temperature = 300
pressure = 1.0

[Energy]
method = MM-PBSA

配置文件说明

• [General]: 通用设置，如输出目录和日志级别。
• [Simulation]: 模拟参数设置，如温度和压力。
• [Energy]: 能量计算方法设置，如 MM-PBSA 方法。

通过修改 config.ini 文件中的参数，可以自定义 g_mmpbsa 工具的行为。