【亲测免费】 FASTA36：序列比对与分析的开源工具

FASTA36：序列比对与分析的开源工具

1. 项目基础介绍与编程语言

FASTA36 是一个开源的序列比对和分析软件包，由 W. R. Pearson 和 D. J. Lipman 开发。该软件包提供了与 BLAST 相似的功能，但在统计估计上采用了不同的方法，并且提供了额外的最优程序用于本地（ssearch36）和全局（ggsearch36、glsearch36）序列对齐，以及用于非重叠内部本地对齐的 lalign36。主要使用的编程语言为 C 和 Python。

2. 项目核心功能

• 序列比对：提供多种比对程序，包括 fasta36、ssearch36、ggsearch36 和 glsearch36，用于蛋白质和 DNA 序列的本地和全局比对。
• 数据库搜索：支持 DNA 查询对蛋白质序列数据库的搜索（fastx36/fasty36）和蛋白质查询对 DNA 数据库的搜索（tfastx36/tfasty36）。
• 序列对比：允许将有序和无序的肽段或寡核苷酸与蛋白质或 DNA 数据库进行比对。
• 内部对齐：lalign36 用于查找非重叠的内部对齐，类似于点阵图，但具有统计学意义。

3. 项目最近更新的功能

• 优化和兼容性：引入了 SIMDe 宏定义，使得 Smith-Waterman、global 和 glocal 对齐代码能够在非英特尔架构（如 ARM/NEON）上编译。
• 错误修复和改进：修复了在处理大型数据库时出现的内存泄漏问题，改进了错误和警告信息的格式，以及修正了与编译器相关的警告。
• 新功能添加：增加了 -Xg 选项，以保留输出中的 gi|12345 字符串；增加了自定义标识符的 --id 选项；支持了新的翻译表 -t 9 用于棘皮动物。
• 脚本更新：更新了多个脚本，包括序列提取、注释和数据库构建等，以提供更丰富的功能和更好的用户体验。

通过这些更新，FASTA36 继续为生物信息学研究提供了一个强大的开源工具，使得序列分析和比对变得更加高效和准确。