UpSetR 项目教程

UpSetR 项目教程

UpSetR An R implementation of the UpSet set visualization technique published by Lex, Gehlenborg, et al.. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/up/UpSetR

1. 项目介绍

UpSetR 是一个用于可视化集合交集的 R 包。它基于 Lex 和 Gehlenborg 等人提出的 UpSet 技术，通过矩阵布局展示集合的交集，并支持聚合和查询功能。UpSetR 能够有效地表示数据集的交集和聚合，适用于生物信息学、数据分析等领域。

2. 项目快速启动

安装 UpSetR

首先，确保你已经安装了 R 环境。然后，可以通过 CRAN 安装 UpSetR：

install.packages("UpSetR")

或者，如果你想安装最新的开发版本，可以使用 devtools：

install.packages("devtools")
devtools::install_github("hms-dbmi/UpSetR")

加载并使用 UpSetR

安装完成后，加载 UpSetR 包并使用内置的示例数据进行可视化：

library(UpSetR)

# 加载示例数据
movies <- read.csv(system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), header=T, sep="\t")

# 生成 UpSet 图
upset(movies, nsets = 5)

3. 应用案例和最佳实践

案例1：电影数据集的可视化

使用 UpSetR 对电影数据集进行可视化，展示不同类型电影的交集情况：

upset(movies, sets = c("Action", "Adventure", "Children", "War", "Noir"), order.by = "freq")

案例2：基因突变数据的可视化

在生物信息学中，UpSetR 可以用于展示基因突变数据的交集情况：

mutations <- read.csv(system.file("extdata", "mutations.csv", package = "UpSetR"), header=T, sep="\t")
upset(mutations, sets = c("PTEN", "TP53", "EGFR", "PIK3R1", "RB1"), order.by = "freq")

最佳实践

• 数据预处理：在使用 UpSetR 之前，确保数据已经过适当的预处理，特别是集合数据的格式。
• 参数调整：根据数据集的大小和复杂度，调整 nsets 和 order.by 等参数以获得最佳的可视化效果。

4. 典型生态项目

py-upset

除了 R 语言的 UpSetR，GitHub 用户 ImSoErgodic 还开发了一个 Python 包 py-upset，用于在 Python 环境中创建 UpSet 图。

UpSetR Shiny App

UpSetR 还提供了一个 Shiny 应用，可以通过交互式界面生成和调整 UpSet 图。源代码可以在 GitHub 上找到。

通过这些生态项目，用户可以在不同的编程语言和环境中使用 UpSet 技术进行数据可视化。

UpSetR An R implementation of the UpSet set visualization technique published by Lex, Gehlenborg, et al.. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/up/UpSetR