Cactus 项目安装与使用教程

Cactus 项目安装与使用教程

cactus Official home of genome aligner based upon notion of Cactus graphs 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/cact/cactus

1. 项目目录结构及介绍

Cactus 项目的目录结构如下：

cactus/
├── api/
├── build-tools/
├── caf/
├── doc/
├── examples/
├── hal/
├── pipeline/
├── preprocessor/
├── reference/
├── runtime/
├── setup/
├── src/
├── submodules/
├── test/
├── .gitignore
├── .gitlab-ci.yml
├── .gitmodules
├── .travis_old.yml
├── BIN-INSTALL.md
├── DEVELOPMENT.md
├── Dockerfile
├── Dockerfile.ci-base
├── Dockerfile.kegalign
├── LICENSE.txt
├── Makefile
├── README.md
├── ReleaseNotes.md
├── conftest.py
├── include.mk
├── pytest.ini
├── setup.py
└── toil-requirement.txt

目录介绍

• api/: 包含项目的 API 相关文件。
• build-tools/: 包含构建工具的相关文件。
• caf/: 包含 CAF（Cactus Alignment Format）相关文件。
• doc/: 包含项目的文档文件。
• examples/: 包含项目的示例文件。
• hal/: 包含 HAL（Hierarchical Alignment Format）相关文件。
• pipeline/: 包含项目的主要流程文件。
• preprocessor/: 包含预处理相关文件。
• reference/: 包含参考文件。
• runtime/: 包含运行时相关文件。
• setup/: 包含项目设置相关文件。
• src/: 包含项目的源代码文件。
• submodules/: 包含项目的子模块文件。
• test/: 包含项目的测试文件。
• .gitignore: Git 忽略文件。
• .gitlab-ci.yml: GitLab CI 配置文件。
• .gitmodules: Git 子模块配置文件。
• .travis_old.yml: 旧的 Travis CI 配置文件。
• BIN-INSTALL.md: 二进制安装指南。
• DEVELOPMENT.md: 开发指南。
• Dockerfile: Docker 构建文件。
• Dockerfile.ci-base: CI 基础 Docker 构建文件。
• Dockerfile.kegalign: KegAlign Docker 构建文件。
• LICENSE.txt: 项目许可证文件。
• Makefile: 项目构建文件。
• README.md: 项目介绍文件。
• ReleaseNotes.md: 发布说明文件。
• conftest.py: 测试配置文件。
• include.mk: Makefile 包含文件。
• pytest.ini: Pytest 配置文件。
• setup.py: Python 项目设置文件。
• toil-requirement.txt: Toil 依赖文件。

2. 项目启动文件介绍

Cactus 项目的启动文件主要是 setup.py 和 Makefile。

setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准设置文件，用于定义项目的元数据、依赖关系和安装脚本。通过运行 python setup.py install，可以安装项目的所有依赖项并设置项目。

Makefile

Makefile 是用于自动化构建和测试的文件。通过运行 make 命令，可以执行项目中的各种构建任务，如编译代码、运行测试等。

3. 项目配置文件介绍

Cactus 项目的配置文件主要包括 .gitlab-ci.yml、.travis_old.yml 和 pytest.ini。

.gitlab-ci.yml

.gitlab-ci.yml 是 GitLab CI 的配置文件，用于定义项目的持续集成和持续交付流程。通过配置该文件，可以自动化项目的构建、测试和部署。

.travis_old.yml

.travis_old.yml 是旧的 Travis CI 配置文件，用于定义项目的持续集成流程。虽然该文件已被 .gitlab-ci.yml 替代，但仍然保留在项目中。

pytest.ini

pytest.ini 是 Pytest 的配置文件，用于定义测试框架的行为和选项。通过配置该文件，可以自定义测试的运行方式、报告格式等。

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以上是 Cactus 项目的目录结构、启动文件和配置文件的详细介绍。通过这些信息，您可以更好地理解和使用 Cactus 项目。

cactus Official home of genome aligner based upon notion of Cactus graphs 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/cact/cactus