开源项目推荐：SoS 工作流系统

开源项目推荐：SoS 工作流系统

sos SoS workflow system for daily data analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sos/sos

SoS（Script of Scripts）是一个为日常数据分析和计算研究设计的开源工作流系统。该项目基于多种编程语言构建，主要包括 Python、R 和其他 Jupyter 支持的语言。

1. 项目基础介绍

SoS 是一个灵活的工作流引擎，旨在帮助研究人员和开发者自动化多步骤的数据处理和分析流程。它特别适用于那些需要使用多种编程语言（如 bash、Python、R 和 SAS）进行工作的数据科学家和生物信息学家。SoS 通过 Jupyter Notebook 集成了多语言支持，允许在同一笔记本中使用不同的 Jupyter 内核。

2. 项目核心功能

SoS 的核心功能包括：

• 多语言支持：SoS Notebook 允许在单个笔记本中使用多种语言的内核。
• 流程控制：支持条件分支和循环等流程控制语句，实现复杂的工作流逻辑。
• 任务调度：可以自动管理任务的执行，包括任务之间的依赖关系和资源分配。
• 远程执行：支持在远程集群系统上执行任务，如使用 LSF 或 Slurm 调度系统。
• 结果导向：工作流可以根据期望的输出文件来设计，而不是具体的执行步骤。

3. 项目最近更新的功能

最近更新的功能包括：

• Python 3.12 兼容性：修复了与 Python 3.12 版本的兼容性问题。
• 错误输出：当脚本执行失败时，会将脚本输出内容输出到标准错误流。
• 状态检查和任务终止：允许检查远程工作流的状态、终止任务以及清除任务。
• 任务执行非阻塞：在 SoS Notebook 中，任务执行现在是非阻塞的，使得状态检查和任务移除按钮可以正常工作。
• 模板组织方法：对于 nbconvert 0.6.0 及以上版本，使用了新的模板组织方法。
• 远程主机认证：允许使用 pem_file 对远程主机进行认证。
• 执行选项扩展：扩展了执行选项，允许工作流使用模板并在 PBS 上执行。

SoS 项目的不断更新和完善，使其成为了一个强大且灵活的科研和数据分析工具。对于需要进行复杂数据处理的用户，SoS 提供了一个易于使用和高度可定制的工作流解决方案。

sos SoS workflow system for daily data analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sos/sos