TotalSegmentator 开源项目安装与使用指南

TotalSegmentator 开源项目安装与使用指南

项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/to/TotalSegmentator

1. 项目目录结构及介绍

本部分将概述TotalSegmentator在GitHub仓库中的主要目录结构及其功能介绍：

• src: 包含项目的核心源代码，包括模型的定义、训练逻辑、预测处理等。
• scripts: 存放用于执行特定任务的脚本，如数据预处理、模型训练、预测等的命令行工具。
• docs: 文档资料，可能含有API说明、快速入门指南或开发者手册。
• data: 示例数据或者配置数据的存放位置，对于新用户了解数据格式很有帮助。
• models: 预训练模型的存储目录，通常包含不同版本或特定任务的模型权重。
• config: 包含应用配置文件，如config.json，用来设置默认参数、日志记录或匿名统计发送偏好。
• tests: 单元测试和集成测试的代码，确保项目各部分按预期工作。
• README.md: 项目主读我文件，提供快速概览、安装步骤和基本用法。

注意：实际目录可能会有所变化，具体以仓库最新版本为准。

2. 项目的启动文件介绍

TotalSegmentator的主要交互方式是通过命令行界面（CLI）。虽然没有传统意义上的“启动文件”，但其主要执行入口是通过Python脚本，尤其是通过TotalSegmentator.py或直接使用pip安装后的命令来启动。一旦安装完毕，用户可以通过以下方式调用该工具进行图像分割：

TotalSegmentator -i 输入图像路径 -o 输出结果路径 [其他可选参数]

例如，对于CT图像的分割：

TotalSegmentator -i ct.nii.gz -o segmentations

启动过程中，用户需根据需求指定输入图像（支持NIfTI格式），输出目录，以及选择不同的任务和优化选项。

3. 项目的配置文件介绍

配置文件主要是指位于用户家目录下的~/.totalsegmentator/config.json。此文件允许用户自定义一些运行时行为，比如是否发送匿名使用统计数据(send_usage_stats)，这对于关心隐私的用户尤为重要。此外，若项目中有更细致的配置项，如网络超参数、默认任务类型等，也可能会在此文件中或相关子配置文件中进行设定。

{
    "send_usage_stats": true,
    "default_task": "total",
    ...
}

修改配置文件需谨慎，确保理解更改的含义，以免影响正常运作。对于开发人员或有特殊需求的用户，配置文件提供了定制化项目的灵活性。

以上是对TotalSegmentator项目关键组件的基本介绍，具体使用细节还需参考官方文档和GitHub仓库的更新说明。

TotalSegmentator Tool for robust segmentation of >100 important anatomical structures in CT images 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/to/TotalSegmentator