TransDecoder 项目使用教程

TransDecoder 项目使用教程

TransDecoder TransDecoder source 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/TransDecoder

1. 项目目录结构及介绍

TransDecoder 项目的目录结构如下：

TransDecoder/
├── Docker/
├── PerlLib/
├── lrgTests/
├── sample_data/
├── util/
├── __testing__/
├── Changelog.txt
├── LICENSE.txt
├── Makefile
├── README.md
├── TransDecoder.LongOrfs
└── TransDecoder.Predict

目录介绍：

• Docker/: 包含与 Docker 相关的文件，用于容器化部署。
• PerlLib/: 包含项目所需的 Perl 库文件。
• lrgTests/: 包含项目的测试文件。
• sample_data/: 包含示例数据文件，用于测试和演示。
• util/: 包含项目的实用工具脚本。
• testing/: 包含项目的测试相关文件。
• Changelog.txt: 记录项目的变更历史。
• LICENSE.txt: 项目的开源许可证文件。
• Makefile: 项目的 Makefile 文件，用于自动化构建和部署。
• README.md: 项目的说明文档，包含项目的基本信息和使用指南。
• TransDecoder.LongOrfs: 项目的主要启动文件之一，用于识别长开放阅读框（Long ORFs）。
• TransDecoder.Predict: 项目的主要启动文件之一，用于预测编码序列。

2. 项目启动文件介绍

TransDecoder.LongOrfs

TransDecoder.LongOrfs 是 TransDecoder 项目的主要启动文件之一，用于识别输入序列中的长开放阅读框（Long ORFs）。该脚本通过分析输入的核酸序列，识别出可能的编码区域，并生成相应的输出文件。

TransDecoder.Predict

TransDecoder.Predict 是 TransDecoder 项目的另一个主要启动文件，用于预测编码序列。该脚本基于 TransDecoder.LongOrfs 生成的结果，进一步预测和筛选出最有可能的编码序列，并生成最终的预测结果。

3. 项目配置文件介绍

TransDecoder 项目没有明确的配置文件，但其行为可以通过命令行参数进行配置。以下是一些常用的命令行参数：

• -t: 指定输入的核酸序列文件。
• -m: 指定最小 ORF 长度。
• -G: 指定遗传密码表。

例如，启动 TransDecoder.LongOrfs 并指定输入文件和最小 ORF 长度的命令如下：

./TransDecoder.LongOrfs -t input_sequence.fasta -m 100

通过这些参数，用户可以根据自己的需求定制 TransDecoder 的行为。

---

以上是 TransDecoder 项目的使用教程，希望对你有所帮助。

TransDecoder TransDecoder source 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/TransDecoder