ggseg 项目教程

ggseg 项目教程

ggseg Plotting tool for brain atlases, in ggplot 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gg/ggseg

1. 项目介绍

ggseg 是一个用于在 ggplot 中绘制脑图谱的 R 包。它提供了简单易用的几何图形（geom）来绘制脑图谱，并且内置了多个常用的脑图谱数据。ggseg 的主要目标是简化在 R 环境中直接绘制脑分析结果的过程，避免了在统计工具和脑成像软件之间来回切换的麻烦。

ggseg 项目的主要特点包括：

• 支持多种脑图谱，如 Desikan-Killiany 图谱（aparc）和自动皮层下分割图谱（aseg）。
• 提供了丰富的功能来定制和扩展图谱。
• 支持将自定义数据投影到图谱上进行可视化。

2. 项目快速启动

安装 ggseg

ggseg 可以通过 CRAN 或 GitHub 安装。以下是安装步骤：

通过 CRAN 安装

install.packages("ggseg")

通过 GitHub 安装（开发版本）

install.packages("remotes")
remotes::install_github("ggseg/ggseg")

快速使用示例

安装完成后，可以使用以下代码快速绘制一个脑图谱：

library(ggseg)
library(ggplot2)

# 绘制 Desikan-Killiany 图谱
plot(dk)

# 绘制自动皮层下分割图谱
plot(aseg)

自定义数据投影

以下示例展示了如何将自定义数据投影到脑图谱上：

library(dplyr)

# 创建示例数据
someData <- tibble(
  region = rep(c("transverse temporal", "insula", "precentral", "superior parietal"), 2),
  p = sample(seq(0, 0.5, 0.001), 8),
  groups = c(rep("g1", 4), rep("g2", 4))
)

# 绘制自定义数据
someData %>%
  group_by(groups) %>%
  ggplot() +
  geom_brain(atlas = dk, position = position_brain(hemi ~ side), aes(fill = p)) +
  facet_wrap(~groups)

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

ggseg 在神经科学研究中广泛应用，特别是在脑成像数据的分析和可视化方面。例如，研究人员可以使用 ggseg 来绘制特定脑区的激活图，或者比较不同组别之间的脑区差异。

最佳实践

• 数据准备：在使用 ggseg 之前，确保数据格式正确，特别是区域名称和数据值的对应关系。
• 图谱选择：根据研究需求选择合适的脑图谱，ggseg 提供了多种图谱供选择。
• 自定义图谱：如果需要，可以使用 ggsegExtra 包来创建和使用自定义图谱。

4. 典型生态项目

ggseg 项目与其他 R 包和工具紧密集成，形成了丰富的生态系统。以下是一些典型的生态项目：

• ggsegExtra：提供了额外的功能和图谱，支持创建和使用自定义图谱。
• ggseg3d：扩展了 ggseg 的功能，支持在 R 中进行 3D 脑图谱的绘制。
• ggplot2：ggseg 基于 ggplot2 构建，因此可以与其他 ggplot2 扩展包无缝集成。

通过这些生态项目，用户可以进一步扩展 ggseg 的功能，满足更复杂的研究需求。

ggseg Plotting tool for brain atlases, in ggplot 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gg/ggseg