【亲测免费】 VISION 项目安装与使用教程

VISION 项目安装与使用教程

【免费下载链接】VISION Signature Analysis and Visualization for Single-Cell RNA-seq 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/visio/VISION

1. 项目目录结构及介绍

VISION 项目的目录结构如下：

VISION/
├── Rbuildignore
├── gitignore
├── travis.yml
├── API.md
├── DESCRIPTION
├── LICENSE
├── NAMESPACE
├── NEWS.md
├── README.md
├── build_site.sh
├── build_whitelist.sh
├── index.Rmd
├── docs/
├── inst/
│   └── html_output/
├── man/
├── pkgdown/
├── src/
├── tests/
└── vignettes/

目录结构介绍

• Rbuildignore: 用于指定在构建 R 包时忽略的文件。
• gitignore: 用于指定在 Git 版本控制中忽略的文件。
• travis.yml: Travis CI 配置文件，用于持续集成。
• API.md: API 文档。
• DESCRIPTION: R 包的描述文件，包含包的元数据。
• LICENSE: 许可证文件，本项目使用 MIT 许可证。
• NAMESPACE: R 包的命名空间文件。
• NEWS.md: 项目更新日志。
• README.md: 项目介绍文件。
• build_site.sh: 构建网站的脚本。
• build_whitelist.sh: 构建白名单的脚本。
• index.Rmd: 项目主页的 R Markdown 文件。
• docs/: 文档目录，包含项目的文档文件。
• inst/: 安装目录，包含安装时需要复制的文件。
• man/: 手册目录，包含 R 包的帮助文档。
• pkgdown/: pkgdown 配置目录，用于生成 R 包的静态网站。
• src/: 源代码目录，包含 C++ 和 R 的源代码。
• tests/: 测试目录，包含项目的测试代码。
• vignettes/: 教程目录，包含项目的教程文档。

2. 项目启动文件介绍

VISION 项目的启动文件是 index.Rmd。这个文件是项目的入口文件，包含了项目的核心逻辑和初始化代码。通过运行这个文件，可以启动 VISION 项目并开始分析单细胞 RNA-seq 数据。

3. 项目的配置文件介绍

VISION 项目的主要配置文件包括：

• DESCRIPTION: 这个文件包含了项目的元数据，如包的名称、版本、依赖关系等。它是 R 包的标准配置文件。
• LICENSE: 这个文件定义了项目的许可证，本项目使用 MIT 许可证。
• NAMESPACE: 这个文件定义了 R 包的命名空间，指定了哪些函数和对象是导出的。
• travis.yml: 这个文件是 Travis CI 的配置文件，用于配置持续集成环境。
• build_site.sh 和 build_whitelist.sh: 这两个脚本文件用于构建项目的网站和白名单。

通过这些配置文件，可以对 VISION 项目进行详细的配置和管理。

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