Sepsis-3-MIMIC 项目使用教程

Sepsis-3-MIMIC 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

Sepsis-3-MIMIC 项目是一个用于评估 Sepsis-3 指南在 MIMIC-III 数据库中应用的开源项目。项目的目录结构如下：

sepsis3-mimic/
├── appendix/                   # 补充材料目录
├── data/                       # 数据文件存放目录
├── img/                        # 图片文件存放目录
├── mimic-code/                 # Mimic 代码相关目录
├── query/                      # SQL 查询文件目录
├── sepsis_utils/               # Sepsis 工具模块
├── .gitignore                  # Git 忽略文件
├── .gitmodules                 # Git 子模块配置文件
├── LICENSE                     # 项目许可证文件
├── README.md                   # 项目说明文件
├── requirements.txt            # 项目依赖文件
├── sepsis-3-get-data.ipynb     # 获取数据 Jupyter 笔记本
├── sepsis-3-main.ipynb         # 数据分析主 Jupyter 笔记本
├── supplemental-material.ipynb # 补充材料 Jupyter 笔记本
└── venn-diagrams.ipynb         # 韦恩图生成 Jupyter 笔记本

• appendix/: 包含一些补充材料，如额外的分析笔记或 R 脚本。
• data/: 存放处理后的数据文件，例如 CSV 文件。
• img/: 存放项目中使用的图片文件。
• mimic-code/: 包含 Mimic 代码相关的文件，用于与 MIMIC-III 数据库交互。
• query/: 包含 SQL 查询文件，用于从 MIMIC-III 数据库中提取数据。
• sepsis_utils/: 包含项目中使用的 Sepsis 相关的工具函数和类。
• .gitignore: 指定 Git 忽略跟踪的文件和目录。
• .gitmodules: 配置 Git 子模块的信息。
• LICENSE: 项目使用的许可证信息。
• README.md: 项目的基本介绍和说明。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。
• sepsis-3-get-data.ipynb: 用于从 MIMIC-III 数据库中获取数据的 Jupyter 笔记本。
• sepsis-3-main.ipynb: 用于分析数据并报告结果的 Jupyter 笔记本。
• supplemental-material.ipynb: 用于生成补充材料中的结果的 Jupyter 笔记本。
• venn-diagrams.ipynb: 用于生成韦恩图的 Jupyter 笔记本。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动主要是通过 Jupyter 笔记本进行的。首先，需要确保已经安装了所有必要的 Python 依赖项，这可以通过运行 pip install -r requirements.txt 命令来完成。

• sepsis-3-get-data.ipynb: 这个笔记本负责从 MIMIC-III 数据库中提取数据，并将其转换为 CSV 文件。运行这个笔记本之前，需要确保数据库连接设置正确，并且有权限访问 MIMIC-III 数据库。
• sepsis-3-main.ipynb: 这个笔记本是项目的主笔记本，用于执行数据分析，并生成研究论文中报告的结果。

要启动这些笔记本，可以使用 Jupyter Notebook 的界面，或者通过命令行运行 jupyter notebook 命令，然后打开对应的 .ipynb 文件。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置主要通过修改 Jupyter 笔记本中的变量来实现。在 sepsis-3-get-data.ipynb 和 sepsis-3-main.ipynb 笔记本中，可以找到一些关键变量，如下所示：

# 数据文件路径
data_path = 'data/'

# 数据库连接配置
db_config = {
    'host': 'localhost',
    'user': 'your_username',
    'password': 'your_password',
    'database': 'mimic'
}

需要根据实际的数据库配置和本地文件路径来修改这些变量。确保这些配置正确无误是项目能够成功运行的关键。