Palantir 项目使用教程

Palantir 项目使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

Palantir 项目是一个用于分析单细胞轨迹的算法实现。项目的目录结构如下：

Palantir/
├── .github/
│   └── workflows/
├── data/
├── docs/
├── notebooks/
├── src/
│   └── palantir/
│       ├── __init__.py
│       ├── ...
├── tests/
├── .codecov.yml
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── pyproject.toml
├── readthedocs.yaml
├── requirements.txt
└── setup.py

• .github/workflows/: 存放 GitHub Actions 工作流文件，用于自动化测试和部署等。
• data/: 存放项目所需的数据文件。
• docs/: 存放项目文档。
• notebooks/: 存放 Jupyter 笔记本，用于演示和教学。
• src/palantir/: Palantir 代码的主要目录，包含所有算法实现和功能模块。
• tests/: 存放单元测试代码。
• .codecov.yml: 代码覆盖率配置文件。
• .gitignore: Git 忽略文件列表。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目说明文件。
• pyproject.toml: 项目构建和依赖配置文件。
• readthedocs.yaml: Read the Docs 配置文件。
• requirements.txt: 项目依赖文件。
• setup.py: Python 包设置文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动通常是通过 Python 的 setup.py 文件进行安装。安装 Palantir 可以使用以下命令：

pip install palantir

或者使用 conda：

conda install -c conda-forge -c bioconda palantir

安装完成后，可以通过 Python 导入 Palantir 库并使用其功能。

3. 项目的配置文件介绍

Palantir 项目的配置主要通过 pyproject.toml 和 requirements.txt 文件进行。

• pyproject.toml: 该文件包含了项目的元数据和依赖关系。例如，以下是一个示例配置：

[tool.setuptools]
packages = find:
install-requires = 
    numpy
    scipy
    pandas
    scikit-learn
    scanpy
    anndata

• requirements.txt: 该文件列出了项目运行所需的依赖项。例如：

numpy
scipy
pandas
scikit-learn
scanpy
anndata

通过正确配置这些文件，可以确保项目在安装和运行时具有所需的依赖和环境设置。